携带pHTβ质粒的A1和B分支粪肠球菌：万古霉素耐药性pMG1样质粒的完整基因组研究

　　来自日本的研究人员通过对临床分离的万古霉素耐药粪肠球菌（VRE）进行全基因组测序，揭示了携带完全相同的pHTβ（一种含vanA型耐药操纵子的pMG1样质粒）在不同进化分支宿主间的传播机制，为耐药基因横向转移研究提供关键模型。

　　

研究人员公布了携带pHTβ质粒的A1和B分支粪肠球菌（Enterococcus faecium）临床分离株的完整基因组。pHTβ是一种携带vanA型万古霉素耐药操纵子的pMG1样质粒，作为研究pMG1样质粒生物学的实验模型具有重要意义。

研究团队从日本大学医院住院患者粪便样本中分离出两株临床VRE菌株MEM18094和OEK20567。通过脑心浸液培养基37°C过夜培养后，采用溶菌酶（lysozyme）、metapolyzyme和RNase A进行细胞裂解，并经Proteinase K和SDS处理提取基因组DNA。使用Illumina NovaSeq 6000平台进行短读长测序（读长250-bp paired-end），分别获得2,207,968条（MEM18094）和1,346,804条（OEK20567）原始读数。同时采用牛津纳米孔GridION平台进行长读长测序，获得61,556条（N50=7,780）和52,073条（N50=10,231）读数。通过Unicycler v0.4.0进行混合组装，测序覆盖度分别达到164×和109×。最终使用DFAST v1.3.6进行基因组注释。

基因组分析显示：MEM18094属于医院相关谱系Clade A1的CC17复合体（感染风险最高），携带7个质粒；OEK20567属于社区相关谱系Clade B的CC94复合体（感染风险较低），携带2个质粒。值得注意的是，尽管宿主基因组背景截然不同，但两个菌株携带的pHTβ质粒完全一致，未发现任何单核苷酸变异。这项研究揭示了耐药质粒在不同进化分支间的精准传播能力，为理解VRE的耐药性扩散机制提供了重要分子流行病学证据。

该研究获得日本厚生劳动省（Research Program on ensuring Food Safety, 24KA1005）、日本医疗研究开发机构AMED（JP24fk0108665）、日本学术振兴会JSPS（22K07067、22K07052）以及多个基金会资助。