靶向病毒RNA假结结构：基于多尺度计算策略发现新型小分子抑制剂以抗SARS-CoV-2

　　本研究针对SARS-CoV-2病毒RNA假结结构在?1程序性核糖体移码（?1 PRF）中的关键作用，提出了一种新型COVID-19治疗策略。研究人员通过整合分子对接、MM-GBSA结合自由能计算、ADME–Tox分析和500 ns分子动力学模拟，筛选出候选分子F2879–5340。该分子表现出稳定的RNA相互作用、优越的ΔGbind值和良好的药代动力学特性，具备成为口服生物可利用?1 PRF抑制剂的潜力，为RNA靶向药物开发提供新路径。

　　

SARS-CoV-2的RNA假结结构在?1程序性核糖体移码（?1 programmed ribosomal frameshifting, ?1 PRF）中起关键作用，该机制对病毒蛋白合成与复制至关重要。靶向这一RNA结构元件为COVID-19治疗提供了新策略。本研究采用整合计算策略，结合分子对接、MM-GBSA结合自由能计算、ADME–Tox特性分析以及长达500纳秒的分子动力学模拟，筛选出可破坏假结功能的小分子。其中化合物F2879–5340作为具有潜力的RNA靶向候选分子，与假结中的关键核苷酸保持稳定相互作用，并显示优异的结合自由能（ΔG_bind）数值。与对照化合物Nafamostat相比，F2879–5340表现出更优越的预测药代动力学特性，包括更高的肠道吸收率、更好的口服生物利用度且无致突变性。这些结果表明，F2879–5340是值得进一步实验验证的口服生物可利用型?1 PRF抑制剂。本研究为SARS-CoV-2背景下的RNA靶向药物研发提供了一条创新的计算研究路径。