葡萄M病毒全基因组重构及基于vvi-miRNA的基因沉默靶点预测研究

　　本研究针对葡萄砧木病毒防控难题，通过RNA-seq技术重构GVM全基因组（7460 nt），首次发现其与美国分离株MK492703高度同源（89.23%），并通过RT-PCR验证其在砧木及接穗中的高感染率。创新性采用生物信息学方法预测出vvi-miR3632-5p等宿主miRNA的病毒靶点，为RNA干扰抗病毒策略提供新靶标。

　　

葡萄作为易受多种病毒感染的木本多年生植物，主要采用Dogridge砧木进行繁殖。本研究通过对苗圃砧木样本约5800万条高质量RNA-seq reads进行重新组装，获得一个7460 nt的重叠群，其与葡萄M病毒(Grapevine Virus M, GVM)序列一致性达89.23%。系统进化分析显示该分离株与美国唯一报道的GVM分离株MK492703亲缘关系最近，而非洲分离株则独立成簇。

通过衣壳蛋白(coat protein)基因的RT-PCR及Sanger测序验证，不仅证实高通量测序(HTS)结果可靠性，还在3份砧木样本及19份接穗样本中的14份检测到GVM感染。这是首次在砧木上完成的GVM全基因组研究。

为解析宿主对GVM的防御机制，研究采用生物信息学(in silico)分析方法，在GVM基因组中鉴定出多个来源于葡萄的成熟vvi-miRNAs结合位点。其中vvi-miR3632-5p被确定为调控病毒感染的潜在效应分子。本研究发现的葡萄源vvi-miRNAs有助于理解病毒-宿主互作过程中的防御策略，而GVM对不同接穗品种的影响仍需进一步探究。