• 科学家在“下一代”癌症治疗方法上取得突破，终于发文Nature子刊

  东安格利亚大学(University of East Anglia)的科学家们离创造新一代光激活癌症疗法又近了一步。这种听起来很前卫的治疗方法将通过打开嵌入肿瘤附近的LED灯来工作，然后激活生物治疗药物。这些新的治疗方法将比目前最先进的癌症免疫疗法更有针对性，更有效。今天发表在《Nature Chemical Biology》上的新研究揭示了这一创新想法背后的科学原理。它展示了东英吉利大学的团队如何设计抗体片段——它们不仅与目标“融合”，而且还能被光激活。这意味着在未来，免疫疗法可以比以往任何时候都更精确地攻击肿瘤。这项研究的首席科学家，来自东英吉利大学化学学院的Amit Sachdeva博士

  来源：Nature Chemical Biology

  时间：2023-02-20

• 双管齐下，新方法同时测序遗传和表观遗传碱基

  DNA的分子信息蕴藏在遗传和表观遗传碱基中，这两者对于我们认识生物学都很重要。大多数DNA测序方法无法同时捕获两方面的信息，它们可能涉及到不同的工作流程，也许会增加样本起始量、成本和时间。英国剑桥大学和Cambridge Epigenetix公司的研究人员近日开发出一种新方法，可以通过单一的实验和分析流程获取准确且定相的遗传和表观遗传信息。值得注意的是，这种方法与任何品牌的测序仪兼容。它能够提供更全面的生物信息，简单易用和成本更低，有望应用在科研和诊断方面。这篇题为“Simultaneous sequencing of genetic and epigenetic bases in DNA”的

  来源：生物通

  时间：2023-02-20

• Verkko：一种能按需组装完整的基因组序列的新方法

          美国国立卫生研究院的研究人员开发并发布了一种创新的软件工具，可以从各种物种中组装真正完整的(即无间隙)基因组序列。    美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)的研究人员开发并发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整(即无间隙)基因组序列。这种名为Verkko的软件，在芬兰语中是“网络”的意思，它使组装完整基因组序列的过程变得更加经济和容易。Verkko是从组装第一个无间隙人类基因组序列开始的，该序列是由端粒到端粒(T2T)联盟在去年完成的，这是一个由国

  来源：Nature Biotechnology

  时间：2023-02-20

• 一种新成像技术可以更清晰地描绘“肠道中的大脑”

                  肠神经系统(ENS)中活的三维钙(Ca2 +)在表达基因编码Ca2 +标志(GCaMP6)的小鼠空肠、近端和远端完整部分进行记录。卡尔加里大学的研究人员设计了一种新的成像和实验准备系统，使他们能够记录小鼠肠道神经系统的活动。这项新技术使研究人员能够在消化和废物消除的复杂过程中记录有时被称为肠道大脑的部分。嵌入肠壁的神经元或神经细胞精确地控制着肠壁的运动。研究小组使用了带有荧光标签的基因编码小鼠，因此每当神经元被激活时，肠道神经系统中的神经元就会“亮起来”，在显微镜下发出绿

  来源：Journal of Physiology

  时间：2023-02-20

• 填补空白 | 检测和量化线粒体结构变化的新方法

          图像:通过冷冻电子断层成像捕捉到的细胞内部，并覆盖了线粒体内部(粉红色)、外部(紫色)和内质网(蓝色)膜表面的三维重建。    资料来源:斯克里普斯研究公司来自斯克里普斯研究中心的科学家们提出了一种先进的基于成像的方法，为研究线粒体提供了一种新的方法，线粒体被称为细胞的“发电站”。在2023年2月14日发表在《细胞生物学杂志》(Journal of Cell Biology)上的报告中，科学家们描述了一套技术，可以成像和量化线粒体内部哪怕是细微的结构变化，以及这些变化与细胞中正在进行的其他过程的相关性。线粒体不

  来源：Journal of Cell Biology

  时间：2023-02-20

• Nature子刊：一种新方法来击中了一个“无法下药”的目标

                 图形抽象长期以来，STAT5蛋白一直是抗癌的诱人靶标，但经过数十年的研究，它被归入“无法服用”的类别。现在，密歇根大学罗格尔癌症中心的研究人员发现了一种新方法的成功。通过利用细胞垃圾处理功能，研究人员发现他们可以从细胞培养物和小鼠中消除STAT5，为癌症治疗的潜在发展奠定了基础。STAT5在某些血癌的发生和进展中起着关键作用。但是，确定一种小分子抑制剂来阻断STAT5的努力一直受到阻碍。以前的研究工作发现，设计一种高亲和力结合STAT5的药物具有挑战性，这是一种衡量它们结合程度的方法

  来源：Nature Chemical Biology

  时间：2023-02-17

• Nature子刊：开天辟地，采用独特方法研究DNA修饰

  最近发表在《Nature Cell Biology》杂志上的一篇技术报告介绍了一种检测复制后DNA特定变化的新方法。科学家们设计了一种高度敏感的定量方法，利用称为iDEMS(通过EdU标记质谱分离DNA)的质谱。这项工作的新颖之处在于，没有使用在该领域广泛使用的测序方法，而是使用了质谱法，这是第一次用这种方法来测量纯化的、复制的DNA上的DNA修饰。DNA修饰和细胞稳定性基因组是在细胞中发现的一整套DNA指令。实际上，一个生物体内的所有细胞都含有相同的遗传信息，但哪些基因被表达取决于细胞的功能。这种细胞特异性基因表达由细胞的表观基因组调控，表观基因组包括与DNA结合的蛋白质，以及对DNA的直接

  来源：Nature Cell Biology

  时间：2023-02-15

• 对癌症治疗的分析表明，需要标准化的方法来衡量等待时间

  根据今天发表在eLife上的一份报告，对癌症等待时间和治疗结果之间关系的回顾强调了报告中的不一致，这使得很难得出坚定的结论。分析表明，用于测量癌症诊断和治疗之间滞后时间的方法需要标准化和更新，以考虑到癌症治疗连续体中的不同时间点和新治疗方法的使用。近年来，人们相当关注英国癌症诊断和治疗之间的滞后时间，特别是在COVID-19大流行期间。在大流行期间，常规和诊断性的初级保健病人就诊停止或减少，治疗剂量和放射治疗的分级发生了变化，化疗也被推迟和中断，手术被保留给最紧急、非选择性的病例。该研究的主要作者、加拿大蒙特利尔麦吉尔大学癌症流行病学部门的研究助理Parker Tope说:“人们越来越担心，目

  来源：eLife

  时间：2023-02-15

• 新方法追踪血脑屏障的漏洞

                 监测药物通过血脑屏障后对神经元反应的药理作用。在癫痫研究中，人们一直认为血脑屏障的渗漏是导致大脑炎症的原因之一。来自波恩大学医院(UKB)和波恩大学的研究人员使用一种新方法证明，血液和中枢神经系统之间的屏障在很大程度上仍然完好无损。他们研究中使用的方法为癫痫的发展提供了重要的见解，并可以显著优化制药行业的药物开发。研究结果最近发表在《Nature Communications》杂志上。人脑中500公里长的血管由10平方米的薄细胞层组成——血脑屏障(BBB)。这道屏障保护大脑免受有害物

  来源：Nature Communications

  时间：2023-02-15

• “突破性”缺血性脊髓损伤小鼠模型

  俄亥俄州立大学韦克斯纳医学中心和医学院的一组研究人员开发了首个能够重现缺血性脊髓损伤(“ISCI”)和立即瘫痪的小鼠模型，这些损伤有时是由用于治疗胸主动脉瘤的常见手术引起的。研究结果在线发表在《麻醉学》杂志上。这种手术被称为“TEVAR”(胸腔血管内主动脉修补术)，可以挽救主动脉瘤的生命。然而，由于手术过程中脊髓血流中断，接受TEVAR的患者有可能出现由ISCI引起的瘫痪。新的小鼠模型将使研究人员能够研究TEVAR引起瘫痪的分子机制。了解这些机制是开发神经保护药物和治疗方法以预防或治疗TEVAR诱导的ISCI和瘫痪的关键一步。TEVAR用于治疗动脉瘤，动脉瘤是一种位于主动脉上部的虚弱的气球状凸

  来源：Anesthesiology

  时间：2023-02-15

• 哈佛研究团队Nature子刊获CAR-T细胞疗法新突破：增强体内肿瘤清除能力

          Wyss研究所的David Mooney团队和DFCI的Catherine Wu团队合作进行的一项新研究使用这些人工抗原呈递细胞模拟支架(APC-ms)从患者的T细胞中创建个性化的CAR-T细胞产品。    资料来源:哈佛大学威斯研究所新的CAR-T细胞疗法正在改变癌症患者的治疗前景：免疫系统的天然猎人T细胞在体内巡逻，寻找外来对手，研究人员从癌症患者身上提取细胞，在体外进行增殖，然后注入到同一患者体内。自2017年CAR(嵌合抗原受体)-T细胞被美国联邦药物管理局(FDA)批准作为第一个用于治疗白血病的改良治

  来源：Nature Communications

  时间：2023-02-14

• 基于Transformer的单细胞可解释注释方法

    近年来得益于单细胞测序技术的发展，我们可以以单细胞分辨率去理解生物学过程，包括发育，衰老和疾病等。细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键，传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间，再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类，最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标准，很大程度上受到研究人员偏好的影响。此外，移除批次效应的同时保留生物学差异也是单细胞研究的难点。幸而，随着技术进步，越来越多大规模单细胞图谱产生并公开发表，为后续研究提供了重要参考，但同时也产生了开发能够高效处理大规模数据的计算工具的需求。所以，统一标准的，高效的，生物学可解释

  来源：北京大学前沿交叉学科研究院

  时间：2023-02-14

• PacBio计划将MAS-Seq技术扩展至16S rRNA和Bulk RNA测序应用

  PacBio（纳斯达克股票代码：PACB），一家领先的高质量、高精度测序解决方案开发商，即日宣布启动一项计划，旨在将多重阵列测序（MAS-Seq）扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。这项计划建立在去年成功推出的MAS-Seq串联技术的基础上，该技术实现了具有成本效益的单细胞RNA异构体测序。MAS-Seq测序技术是将多个较短的片段串联起来，然后作为一个长的HiFi read在测序仪上进行读取。这能够将有效数据产量扩大16倍，其中产量的增加因素由短片段的大小决定。PacBio相信，如果将MAS-Seq测序技术扩展到Bulk RNA测序和16S rRN

  来源：PacBio

  时间：2023-02-14

• 未来技术学院陈知行课题组与合作者开发染料抗光漂白巯基标记新策略

  2月9日，北京大学未来技术学院、北大-清华生命科学联合中心陈知行研究员课题组与清华大学生命科学学院、北京市结构生物学高精尖创新中心和北京生物结构前沿研究中心陈春来课题组在 J. Am. Chem. Soc. 杂志上联合发表题为“General strategy to improve the photon budget of thiol-conjugated cyanine dyes”的文章。该研究报道了一种可替代传统马来酰亚胺标记化学的全新靶向巯基的位点特异性标记策略，通过S-芳基化类型的生物偶联化学可显著提高花青类荧光团光稳定性，助力单分子和细胞内荧光显微成像技术。近20年来

  来源：北京大学新闻网

  时间：2023-02-14

• Nature子刊：没有COVID-19，就没有这项“无痛检测”技术

          等离子体增强LFAs (p-LFAs)将廉价、容易获得的快速检测提高到医生对检测结果信心所需的敏感性水平，而无需基于实验室的确认。     2019年底，当圣路易斯华盛顿大学麦凯维工程学院机械工程和材料科学教授Srikanth Singamaneni 和Guy Genin与医学院的研究人员建立新的合作关系时，他们还不知道传染病研究的前景即将发生巨大变化。在一个美丽的秋日，在一间俯瞰森林公园的会议室里，团队有一个目标:解决当时世界面临的最大传染病问题。传染病领域面临的最重要的挑战之一是找到一种方法，快速

  来源：Nature Biomedical Engineering

  时间：2023-02-13

• 《Science》治疗“Smac”癌症的可能方法

  在动物体内，一种被称为凋亡的程序性细胞死亡过程确保了细胞在应该死亡的时候死亡。一种相反的力量，由凋亡抑制蛋白(IAPs)控制，防止过度的细胞死亡。这些相互竞争的细胞程序一起帮助维持不受抑制的细胞生长(如癌症)和过度的细胞死亡(如退行性疾病)之间的平衡。在一项新的研究中，Dana-Farber癌症研究所的研究人员使用冷冻电子显微镜首次揭示了一种名为BIRC6的IAP如何在分子水平上抑制程序性细胞死亡。他们发现BIRC6蛋白质配对形成一个碗状结构。在碗的中心是捕获半胱天冬酶的受体，导致半胱天冬酶的降解，并防止它们引发细胞死亡。这种抗凋亡活性可以被一种叫做Smac的蛋白质挫败，它也与碗内的受体结合。

  来源：Science

  时间：2023-02-13

• 华中农业大学Nature子刊开发新一代多重荧光原位杂交技术

  近日，华中农业大学曹罡教授、戴金霞副研究员团队在Nature communications杂志以Featured articles发表题为“Highly efficient and robust π-FISH rainbow for multiplexed in situ detection of diverse biomolecules”的研究成果。该研究开发了新一代荧光原位杂交方法—p-FISH rainbow，突破了现有的技术壁垒，克服了目前FISH (fluorescence in situ hybridization)领域的缺陷和不足，精准地将

  来源：华中农业大学

  时间：2023-02-13

• 包装DNA：研究人员开发了促进骨骼生长的新方法

  DNA可以以局部和有针对性的方式帮助刺激骨愈合，例如在复杂骨折或手术后严重组织损失后。马丁·路德大学哈雷-维滕贝格(MLU)、莱比锡大学、阿威罗大学(葡萄牙)和弗劳恩霍夫材料与系统微结构研究所IMWS的研究人员已经证明了这一点。他们开发了一种新的工艺，在植入材料表面涂上基因激活的生物材料，诱导干细胞产生骨组织。他们的研究结果发表在著名的《高级医疗材料》杂志上。骨骼是人体再生能力的一个迷人的例子。由于它们能够在骨折部位形成新的弹性组织，即使在骨折后，它们也能够恢复全部功能。“然而，当涉及到复杂的骨折或重大组织损失时，即使是骨头的自愈能力也不够，”MLU制药研究所生物医学材料研究小组负责人托马斯·

  来源：Advanced Healthcare Materials

  时间：2023-02-13

• Nature Methods：基于人工智能的方法来预测RNA修饰

          图片:Radhika Patnala博士设计的图片(Sci-illustrate.com)    图源:A*STAR’s GIS(图片由Radhika Patnala博士设计，来源:Sci-illustrate.com)来自科学、技术和研究局(A*STAR)和新加坡国立大学(NUS)的一组研究人员开发了一种软件方法，可以从基因组数据中准确预测RNA[1]分子的化学修饰。他们的方法被称为m6Anet，发表在《自然方法》杂志上。在RNA内部，添加到RNA上的不同类型的化学分子决定了RNA分子的功能。然而，这些RNA

  来源：Nature Methods

  时间：2023-02-11

• 未来技术学院陈良怡实验室开发混合物理模型与深度学习的结构光超分辨重构算法

  近年来，超分辨率荧光显微镜的发展极大地推动了人类对亚细胞结构的研究。其中，基于结构光照明的超分辨率荧光显微镜（SR-SIM）凭借其光子转化效率高等优点，非常适合活细胞的超分辨率成像。然而，北京大学陈良怡实验室2018年的工作提出，尽管结构光的光子转化成为超分辨的效率比其他类型的超分辨率显微镜更高，但是由于它存在的反卷积重建过程会放大图像中噪声产生伪影，从而影响超分辨率图像的可信度和定量化分析。在其提出利用时空连续性作为先验知识开发的基于海森正则化项的迭代重建方法后，其他许多研究组也开发了不同的抑制伪影的方法。已有的基于物理模型或通用先验知识的方法能够抑制噪声导致的伪影，但背景失

  来源：北京大学新闻网

  时间：2023-02-11

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