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HPV RNA-Seq：一种诊断宫颈癌的新技术
法国巴斯德研究所领导的研究团队近日开发出一种双管齐下的新策略，能够评估那些感染人乳头瘤病毒（HPV）的妇女患上宫颈癌的风险。这项成果于近日发表在《The Journal of Molecular Diagnostics》杂志上。众所周知，99%的宫颈癌病例是由HPV引起的。目前有200多种HPV毒株，它们的致癌风险不同。高危毒株包括HPV 16型和HPV 18型，这两种毒株导致了大约70%的宫颈癌。在预测癌症发生的可能性时，区分HPV毒株就显得十分重要。这篇文章的通讯作者、巴斯德研究所的Marc Eloit说：“我们开发出一种新颖的体外分子诊断程序HPV RNA-Seq，可检测高危HPV的感染
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Cell：多种单细胞RNA测序技术揭示肝癌免疫微环境的动态特征
2019年10月31日，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民课题组联合首都医科大学附属北京世纪坛医院彭吉润课题组以及德国药企勃林格殷格翰公司多位科学家，在国际期刊Cell上发表了题为“Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma”的研究论文，结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术，对肝癌患者多个组织的免疫细胞做出了系统性的刻画，分析了免疫细胞动态迁移和状态转化的特征，探索了它们在肝癌治疗上
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透明化技术Scale的介绍和应用
◆前言固定组织的透明化技术将过去以二维为主体进行研究的组织学大幅扩展到三维层面上，使其获得全新视野。近年来，透明化技术不仅被应用于动物而且被应用到了植物的研究中，并且从基础生物学领域到其他医学领域方面，这项技术的应用范围也在逐渐扩大。ScaleA2法[1] 和ScaleS法[2] （以下统称Scale法）都是作者团队开发的透明化技术。此外，作者团队还开发了AbScale法，这是一种与透明化技术相匹配的三维免疫染色法。上述两种方法配合使用可以获取小鼠全脑、大脑半球或厚脑切片内的精细结构。图1为实验图像。图1. 利用ScaleS法的透明化实验以及AbScale法的染色案例ａ.未处理的小鼠全脑（左）
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Nature：现有肠道细菌治疗方法不可靠！肠道细菌需要个体遗传“密码”
人体的肠道是一个危险的地方。生活在我们肠道中的细菌会分泌出毒素，用以阻止微生物入侵者。但是每个人的肠道都有自己的一套毒素，来自霍华德休斯医学研究所院的科学家最新研究指出，它们必须有自己的一套“passcode”才能生存下去。这一研究发现公布在10月30日的Nature杂志上。这项研究朝着适合不同人群改变有益微生物的方向迈出了第一步。文章作者，霍华德休斯医学研究所的Joseph Mougous说，研究结果表明，对于益生菌或活体生物疗法而言，还没有一种万能的方法，可以通过细菌营养品促进健康细菌生长。他说：“操纵肠道微生物来促进健康，很有潜力，但目前尚不清楚这些肠道的细菌规则。”这些微生物（图中包含
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杨兵教授：利用基因编辑技术研发水稻关键抗性
大米是世界上最贫穷和患有营养不良的人群的的第一大主食。世界上每天有超过一半的人口食用米饭。在撒哈拉以南的非洲地区，这是增长最快的食物来源，它提供的食物卡路里比其他任何作物都要多。但是大米的粮食安全存在一个重要的危险源，那就是水稻黄单胞菌（Xanthomonas oryzae pv，简称为Xoo）引起的水稻白叶枯病（bacterial blight）。这种疾病仅在印度每年造成的损失估计就为36亿美元。Xoo会破坏农民整个年度收成，使他们的粮食供应，收入和土地所有权受到威胁。Healthy Crops是一个旨在为这些农民提供有效的工具，抗击细菌性疫情的联盟机构。该机构由三大洲的六个研究机构组成，其
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华大区块链技术斩获国际基因数据隐私安全计算大奖
2019年10月26日，由美国国立卫生研究院（National Institutesof Health，简称NIH）指导并资助举办的2019届基因数据隐私和安全大赛颁奖仪式在美国印第安纳州举行，华大区块链团队作为获奖者受邀出席并作大会报告。iDASH（基因数据隐私安全计算大赛）始于2014年，至今已成为全球基因组数据隐私保护和安全共享领域的最高规格国际竞赛，今年吸引了包括耶鲁大学、MIT、EPFL等在内的全球105所知名高校和来自工业界的团队参赛。华大在“基于区块链和智能合约构建基因变异分布式数据库”的赛道中脱颖而出，在“联合训练机器学习模型用于肿瘤分子分型”赛道中成功完成挑战赛，与耶鲁大学、
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新技术揭示成瘾过程中两种神经元的cAMP信号通变化机制
美国佛罗里达 Scripps Research的科学家发现大脑细胞中的一个分子进程可能是药物成瘾的主要驱动力之一，因此可能成为未来成瘾治疗的目标。科学家于10月22日在《Cell Reports》上发表了他们的发现。他们使用一种先进的成像技术，将暴露于阿片类药物时大脑中与成瘾相关核心区域大脑细胞的活动可视化。他们发现，成瘾时发生的主要大脑细胞变化、帮助维持成瘾行为的关键大脑细胞变化均伴随有一种信号传导系统中的特定变化（并可能受这种变化的驱动），其中涉及一种环AMP（cAMP）信使分子。该研究的资深作者，Scripps研究所神经科学系教授兼联合创始人Kirill Martemyanov博士说：“
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香港中文大学最新文章：一种筛查早产妊娠毒血症的“三重检测方法”
香港中文大学医学院妇产科学系公布一项研究，证实了英国胎儿医学基金会（FMF）的“三重检测方法”，经改良后，能有效预测怀孕11-13周亚洲孕妇患早产妊娠毒血症的风险，这一研究结果公布在American Journal of Obstetrics and Gynecology杂志上。研究发现，相比起美国妇产科学院 （ACOG） 和英国国家健康与照顾卓越研究院（NICE）现有的建议，FMF三重检测可提高早产妊娠毒血症预测的灵敏度和准确性，令检出率提升一倍。全球至少有2%孕妇曾患妊娠毒血症妊娠毒血症影响全球约2%至8%的孕妇，也是妇女在怀孕期间出现併发症及死亡个案的主要原因，每年有7万6千名妇女和50
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一种新型单分子技术解析促凋亡蛋白tBid引发膜通透的动力学过程
细胞凋亡是一种由多基因调控、在进化上保守的程序性死亡过程，是维持多细胞生物体稳态并清除多余或有害细胞的重要生命过程。在细胞凋亡的内源/线粒体途径中，Bcl-2家族蛋白通过家族之间以及蛋白-膜脂之间的相互作用发挥重要的调控作用，其中对细胞器膜（例如线粒体膜、溶酶体膜等）的通透作用（permeabilization）是调控细胞凋亡过程的关键步骤。来自中国科学院生物物理研究所卫涛涛课题组与中国科学院物理研究所李明课题组题为“Detection of tBid Oligomerization and Membrane Permeabilization by Graphene-Based Single-
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长期追踪活体小鼠大脑中特定神经干细胞活动的新方法:鉴别一种新的长寿神经干细胞
苏黎世大学的神经科学家Gregor Pilz能够在活体年轻小鼠大脑内观察神经干细胞是如何产生神经细胞的——这在不久前还被认为是不可能的呢。他最新的实验为早期的观察又新增了一点新成果,实验表明小鼠大脑内还有另外一群能够自我更新的干细胞，比他早前记录的更长寿。 如果文章得到确认,这将有助于揭示当动物开始衰老时神经发生——即新神经元的生成——会出现什么情况。这个结果Pilz将在今天(美国时间10月22日)在芝加哥举行的神经科学学会会议进行讨论。过去的研究已经鉴别出了不同的神经干细胞群体,但要在一段时间范围内在活体小鼠大脑中跟踪这些干细胞群体发生了什么，是很困难的。这些细胞存在于海马体的一部分被称为于
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合成生物学最新突破:哈佛Church神经网络法可预测蛋白质功能变化
合成生物学正在崛起。科学家们不断尝试按照改造基因，改造蛋白质，改造生命。通过改变自然界中存在的蛋白质，甚至从头设计合成蛋白质，合成生物学家正在尝试掌控蛋白质进化。此类工程改造蛋白质可用于高效药物、能感测生物信号的合成基因回路组成部分、或以比基于石油的方法更有效和可持续的方式生产高价值化学品。为了设计蛋白质，科学家使用了两种截然不同的方法：在“定向进化”中，他们随机改变编码天然蛋白质的氨基酸序列，从中筛选具有所需活性的蛋白质变体。在“合理设计”中则根据蛋白质实际3D结构对蛋白质进行建模，以识别出可能影响蛋白质功能的氨基酸。然而，在巨大的潜在蛋白质序列空间中，定向进化方法只能覆盖一小部分，而合理设
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光动力疗法最新进展：深部肿瘤光动力治疗新技术
光动力疗法作为一种微创性的肿瘤治疗手段，近几年来被广泛应用于临床。光动力治疗是指将光敏剂注入机体，使其通过主动或被动靶向聚集在肿瘤组织，然后采用一定波长的光照射肿瘤部位，光敏剂受激发后通过能量或电子转移产生活性氧，从而诱导肿瘤细胞凋亡，摧毁肿瘤组织。相比于化疗等肿瘤治疗方法，光动力治疗具有其独特的优势，如选择性高、不会产生耐药性、系统毒副作用低等。然而，传统的光敏剂最佳激发波长往往在紫外可见光区，该波段的光在组织中的穿透深度十分有限，因此无法适用于深部肿瘤治疗。10月8日，美国化学会旗下纳米领域权威期刊《纳米快报》（Nano Letters, IF=12.3）刊发了华中科技大学生命科学与技术学
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Nature子刊发表一种评估肿瘤异质性的新方法
瑞典卡罗林斯卡研究所（Karolinska Institutet）的研究人员于上周五在《Nature Communications》杂志上发表了一种新颖而廉价的方法，能够识别高度异质性的肿瘤，这些肿瘤往往具有很强的侵袭性，因此需要更积极的治疗。癌细胞往往有一个共同特征，那就是基因组中染色体或基因的拷贝数发生改变，这种现象称为拷贝数改变（CNA）。在同一肿瘤内，不同部位的细胞可能携带不同的CNA。携带很多CNA的肿瘤通常具有很强的侵袭性，即使积极治疗，也往往会频繁重组。如今，卡罗林斯卡研究所生命科学实验室的研究人员开发出一种名为CUTseq的方法，能够评估同一肿瘤内不同部位的CNA数量和类型。它
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国际人类基因组超大队列研究项目将采用PacBio测序技术开展结构变异的研究
隶属于美国国立卫生研究院（NIH）的The All of Us Research Program*，已确定在知名的HudsonAlpha生物技术研究所来进行一项人类基因组超大队列研究。HudsonAlpha将使用PacBio的长读长全基因组测序技术对来自全美不同种族的超过6000个志愿者的遗传数据进行检测，以发现在人群中低至0.1%的结构变异。NIH下属的美国国家转化科学促进中心（NCATS）将在一年多的时间里为该项目提供700万美元的资助。该项目计划在未来几年内总共检测100万人的全基因组序列，将为精准医学领域提供迄今为止最大的基因组结构变异和临床数据库。当样本数超过6000时，可以发现人群
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中科院微生物所开发新型微滴反应筛选技术及单细胞分析应用
中科院微生物所微生物资源前期开发国家重点实验室杜文斌研究组和黄力研究组共同开发了一种新型的微流控界面纳升注射技术（Interfacial Nanoinjection, INJ），该技术可以将传统的生化反应体系微缩在一个纳升体积的油包水微液滴体系中完成。针对这一技术创新，团队申请了多项中国发明专利和美国专利，并研制了基于INJ技术的小型桌面系统。该系统和国外同类产品如美国Labcyte公司的Echo超声纳升移液系统、以及美国TTP Labtech公司的mosquito HTS微量筛选系统相比，在仪器成本、耗材成本、最小液滴体积、流式细胞仪兼容性、操作的灵活性、以及污染控制等方面，均具有显著优
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专注细胞能量代谢，助力诺奖创新科研—安捷伦Seahorse XF技术
2019年诺贝尔生理或医学奖在瑞典卡洛琳斯卡医学院揭晓，哈佛医学院的William G. Kaelin，牛津大学的Peter J. Ratcliffe以及约翰霍普金斯大学的Gregg L. Semenza教授因在“发现细胞如何感知和适应氧气变化”领域做出的卓越贡献，被授予这一科学界最高奖项。 图1：获奖的三位科学家众所周知，哺乳动物需要利用氧气将食物转化成可供使用的生物能量。此次诺贝尔奖获得者开创性地揭示了细胞感应氧气的分子机制，阐明了氧气含量是如何影响细胞代谢和生理功能的，为包括肿瘤、心血管病、慢性肾脏贫血等多种疾病的临床治疗开辟了新路径1。三位科学家获奖的核心成果是发现了低氧诱导
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Nature Methods：一种高灵敏度、脂质代谢“追踪”全新技术
生物通报道：没有脂肪，人体中什么都无法正常工作，因为这些物质可以充当能量供应者和重要的构成要素，比如活细胞的包膜，而且许多疾病与脂肪代谢异常也有关，例如肥胖症或癌症。近期波恩大学LIMES研究所的研究人员研发了一种能以目前最高的灵敏度监测单个细胞脂肪代谢的新技术，这将能被用于多个方面，比如最大程度地减少新药对脂肪代谢的副作用。这一研究发现公布在Nature Methods杂志上。当听到“人体脂肪”一词时，许多人都会想到肚子或臀部的赘肉。波恩大学LIMES研究所的Christoph Thiele教授说：“但是没有脂质，人类就无法生存”。因为脂肪是重要的能量存储。例如，如果癌症患者的脂肪代谢受到干
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徐涛，徐平勇发表Naure Methods：超分辨光镜-电镜关联成像突破性进展
蛋白质等分子在细胞中的特定位置组装成蛋白质机器进而发挥生物学功能，因此研究蛋白质等分子在细胞中的精确定位对于揭示蛋白质机器的组装和分子机制至关重要。电子显微镜具有亚纳米尺度的空间分辨率，是生命科学领域中不可缺少的研究工具。然而在电镜图像中定位目标蛋白具有很大的挑战。例如常用的免疫电镜利用抗原—抗体反应在电镜图像中标记和定位蛋白质，该方法标记效率低，而且对抗体的特异性依赖性很大。近年来出现的光镜-电镜关联成像技术是一种双模态成像技术，该技术利用光镜成像来定位目标分子，标记效率和特异性高，同时还可利用电镜对细胞进行超微结构成像。超分辨光镜-电镜关联是更先进的光电关联技术，其中超分辨光镜打破了光学衍
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Illumina与QIAGEN合作开发基于测序技术的体外诊断（IVD）检测试剂盒
圣迭戈、德国希尔登及马里兰州日耳曼敦——美通社——Illumina公司（纳斯达克股票代码：ILMN）与QIAGEN公司（纽约证券交易所股票代码：QGEN）（法兰克福证券交易所主板市场股票代码：QIA）今日宣布建立为期15年的伙伴关系，扩大基于NGS技术的IVD检测试剂盒在患者管理（包括伴随诊断）中的应用。此次协议授予QIAGEN非独家的权利，开发用于Illumina的MiSeq™Dx和NextSeq™ 550Dx系统的IVD试剂盒并推向全球市场。协议还授予QIANGEN在Illumina未来的临床诊断（Dx）系统上扩展合作的权利。双方还寻求QIAGEN今后在开发与推广基
来源：Illumina
时间：2019-10-10
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最新研究：中美研究人员开发出糖尿病并发症快速检测方法
生物通报道：2型糖尿病患者的长期血糖水平过高会损害整个身体的组织，例如神经，眼睛或肾脏。这些血管并发症是导致患者死亡的主要原因，科学家们一直在努力设计一种无创，简单的方法，在疾病进展过程中及早发现它们。通常，临床医生依靠一系列测试（从尿液筛查和超声检查到眼科检查）来估计发生并发症的风险。如果能有一种生物标志物来检测，那么就能为患者节省时间，为临床医生带来更多便利。为此，来自武汉大学中南医院，美国芝加哥大学和西北大学的研究人员创建了一项血液测试，可以预测糖尿病患者发生血管并发症的可能性。这一研究发现公布在10月1日的Clinical Chemistry杂志上。这一研究的关键在于化学标记5-羟甲基
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