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分析药物结合口袋动态特征的新方法及网络应用平台D3Pockets
药物分子一般通过与靶标蛋白结合而发挥药效。蛋白质上往往同时存在多个空腔，其中能和小分子结合并发挥调控蛋白质功能的空腔称为可药性口袋。不同于结晶状态，生物体中的蛋白质结构总是不停地运动变化着的。因此，蛋白质上药物结合口袋位置及动态性质等信息对基于结构的药物设计及先导化合物优化非常关键。据报道，目前已有基于打分函数或机器学习的分类模型方法，用于可药性口袋的预测研究。但这些方法大多只针对口袋的静态结构，而不能全面地描述蛋白质在运动变化过程中口袋所发生的变化。为了解决这一问题，中国科学院上海药物研究所朱维良课题组发展了一种新方法，可基于分子动力学模拟轨迹文件或构象集来研究口袋的动态特性，并开发了相应的
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赵凯研究员Sci Rep发明多重微滴PCR偶联荧光分光光度法新方法
上海市农业科学院赵凯研究员在国际期刊Scientific Reports在线发表了题为“A novel emulsion PCR method coupled with fluorescence spectrophotometry for simultaneous qualitative, quantitative and high-throughput detection of multiple DNA targets ”的研究论文。近年来核酸检测的生物样本量越来越大，而且往往需要定量和高通量检测。传统生物样本定性、定量PCR检测技术每次只能对单个的基因进行检测，而对于生物样本中的成分不明确
来源：上海市农业科学院
时间：2019-08-29
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宝日医生物技术（北京）有限公司部分代理商变更
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2019国家自然科学基金：PCR技术项目
国家自然科学基金委员会近日公布了2019年国家自然科学基金申请项目评审结果，其中面上项目18995项、重点项目743项、重点国际（地区）合作研究项目103项、青年科学基金项目17966项、优秀青年科学基金项目600项、创新研究群体项目45项、海外及港澳学者合作研究基金项目（延续资助）23项、地区科学基金项目2960项、部分联合基金项目（NSAF联合基金、天文联合基金、大科学装置科学研究联合基金、民航联合研究基金和钢铁联合研究基金）235项、国家重大科研仪器研制项目（自由申请）82项，合计41752项。其余项目正在评审过程中。今年的国家自然科学基金中PCR研究项目包括（金额排序）：1. 无污染无
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华人学者Nature Biotechnology报道一种简单而强大的新方法
生物通报道：为了更好地了解组织和器官如何发育，疾病如何发生的，一些科学家们计划绘制细胞的三维空间分子谱，比如“人类生物分子图谱计划”，“人类细胞图谱项目”以及一些脑图谱项目等等。然而，现有的成像方法在其性能的各个方面受限，无法给科学家们带来便捷。近期，来自哈佛大学Wyss生物工程研究所和哈佛医学院（HMS）的研究人员报道了一种新型的技术：Immuno-SABER （Immunostaining with Signal Amplification By Exchange Reaction）填补了这一空白，这种方法将常用抗体的蛋白质靶向特异性与基于DNA的信号放大策略相结合，能够在同一样品中对多种
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Nature子刊：精确调控细胞在3D多孔生物材料支架中机械响应的新方法
清华大学医学院生物医学工程系、清华-北大生命科学联合中心杜亚楠研究组于Nature Communications 《自然•通讯》在线发表了题为“Cryoprotectant enables structural control of porous scaffolds for exploration of cellular mechano-responsiveness in 3D”的研究论文。该研究首次利用冰冻保护剂，对3D多孔生物支架材料的孔径和硬度实现了独立和精确的调控，并系统探究了成纤维细胞和巨噬细胞对于材料孔径和硬度的机械响应特征和相关机制，为基于仿生3D多孔支架材料中的生物
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著名学者PNAS首次开创了解码基因表达的技术方法
生物通报道：近年来遗传学迅猛发展，许多科学家们希望能借此找到一种清晰，快速的方法进行基因组序列扫描，找出各种可以表达的基因，和不能表达的基因。基因表达是基因内编码的信息，用于产生关键产物（如蛋白质）的过程。然而令人惊讶的是，迄今为止这还只是一个希望。不过加州大学圣地亚哥分校的生物学家开发出第一个基于机器学习确定基因表达的系统。鉴于缺乏这种方法，新方法被认为是生物学家的一种遗传学“Rosetta Stone”（Rosetta Stone是一款专业的多媒体语言教学程序，可以提供有效的语言学习方法，生物通注）。这一研究成果公布在8月12日PNAS杂志上，由加州大学圣地亚哥分校生物科学系教授Steve
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Science子刊：乳腺癌个性化检测突破肿瘤DNA检测的局限性
科学家们研发了一个针对患者的名叫TARDIS的特定癌症突变所定制的个性化平台，它能在33名乳腺癌妇女中准确地检测到循环肿瘤DNA（ctDNA）及残余疾病迹象。与先前的方法相比，他们的技术所显示的敏感性提高了100倍。尽管需要做更多的测试，但该化验可能在某一天被用来监测病人如何对化疗做出反应并在早期辨识肿瘤复发。近些年来，研究人员研发了一系列通过检查ctDNA的技术来检测或监测癌症；ctDNA是在血液中循环的从肿瘤生长处脱落的DNA。然而，与来自非肿瘤细胞的循环DNA相比，ctDNA的量要低得多，这令它们难以被检测到，尤其是在已经接受化疗的病人中。这一障碍妨碍了创建一个敏感性足以检测到肿瘤复发迹
来源：EurekAlert中文
时间：2019-08-09
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北大学者PNAS利用脑电和经颅交流电刺激技术揭示视觉特征绑定的神经机制
2019年8月5日，《美国科学院院刊》（Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America）在线刊发了北京大学心理与认知科学学院、麦戈文脑科学研究所、生命科学联合中心方方教授课题组的论文“The causal role of alpha oscillations in feature binding”。该研究借助脑电图记录和经颅交流电刺激的方法探讨了alpha振荡在视觉特征绑定过程中的关键作用，在揭示特征绑定的神经机制方面取得了重要进展。 我们的视觉系统在知觉外部世界的过程中，
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一种新型单细胞小RNA测序方法问世，Nature子刊发现人卵细胞中新的小RNA家族
非编码小RNA是基因表达调控网络的重要组成部分，参与调控细胞内三分之一以上的基因表达，功能涉及生命活动的几乎所有方面，因此，在单细胞水平解析和研究小RNA的表达和调控网络意义重大。纵观单细胞二代测序技术，单细胞转录组和基因组测序早在十年前就已成为现实并得到了广泛应用，但小RNA由于其长度短和特殊的生化性质，一直是单细胞测序技术领域的难点，直到最近才有突破，但大量的接头自连副产物造成测序产出率不到20%，也无法精确检测到低丰度的小RNA。来自中科院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）吴立刚和李逸平实验室的研究成果：“Single-cell CAS-seq reveals a c
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深圳大学最新发表Nature文章报道突破性研究成果
来自深圳大学生命与海洋科学学院的研究人员发表了题为“Plant cell-surface GIPC sphingolipids sense salt to trigger Ca2+ influx”的文章，发现了植物细胞膜糖基肌醇磷酸神经酰胺鞘脂能应答盐胁迫，导致钙内流，这解码了植物感应盐胁迫信号的分子机理，对进一步揭示植物适应全球环境变化的生理生态效应及分子机制具有重大的理论意义与应用价值。这一研究成果公布在7月31日的Nature杂志上，深圳大学首次作为第一完成单位、第一作者以及通讯作者在Nature上发文，文章通讯作者是深圳大学生命与海洋科学学院院长胡章立和裴真明教授。第一作者为深圳大学生
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除了蝾螈，淡水鱼也能教科学家肢体再生这门技术吗？
科学家们知道，蝾螈在截肢后可以再生完整的四肢。密歇根州立大学的Ingo Braasch助理教授课题组是专门研究雀鳝等其他鱼类再生鱼鳍的为数不多的实验室。研究人员认为，在鱼鳍内重建软骨内骨骼，这实际上相当于人类再生胳膊和腿。“雀鳝经常被认为是‘活化石’，也是世界十大最凶猛的淡水鱼之一，”Braasch说。“它们现在是生物医学研究中一种流行的新对象，一定程度上是因为它们与人类的基因组非常相似。”雀鳝的基因组与斑马鱼（人类通往医学进步的传统遗传模型）都与人类相似，Braasch领导的一项研究发现，雀鳝进化缓慢，其基因组保留着比其他鱼类更多的先祖元素。这意味着，雀鳝不仅是通往人类的桥梁物种，也是通往祖
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Nature战胜癌症-阻止癌细胞杀死健康邻居的新方法
葡萄牙里斯本Champalimaud中心的首席研究员Eduardo Moreno发现了一种新的“伎俩”：一种他称之为“健康指纹”的细胞竞争机制。 “2010年我们首次在模型动物果蝇中发现了这种‘健康指纹’机制，现在发表在Nature杂志上的这项新研究，我们能够证明它也存在于人类，阻止它可以阻止人类癌细胞的生长。”Moreno说。坏邻居Moreno和他的团队发现，身体中相邻的细胞不断地通过每个细胞表面的特殊标记物来评估彼此的健康水平。“我们发现，实际上有两种类型的标记物：‘赢’ 健康指纹，代表细胞年轻健康，‘输’健康指纹，代表细胞老化或受损。”Moreno 解释说，“如果一个细胞没有它
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《Cell》简化人类人工染色体构建方法
过去20年，研究人员一直在努力完善人类人工染色体构建（简称HACs），本周发表在《Cell》杂志的一篇论文，来自宾夕法尼亚大学的研究人员描述了一种形成着丝粒的新方法，该方法甚至绕过了自然染色体形成所需的生物学要求。简单来说，他们是把一个名为CENP-A的蛋白质直接递给HAC DNA，从而简化了HAC的实验室合成。“我们的方法简化了HACs的构建和表征，为制造全人造人类染色体扫清了障碍，”宾夕法尼亚大学生化和生物物理学教授Ben Black博士说。HACs本质上是一个携带工程基因合集的小染色体，这些基因与细胞的天然染色体一起是可遗传的，生物工程师们设想，HACs可以完成包括为基因治疗提供大蛋白或
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迎接21世纪升级！产前护理DTC技术涌现商机
没错，医院里人声鼎沸，气味混杂，医护人员行色匆匆，在挤满各种人的通道和房间中奔忙，这种景象令人望而生畏。有需求就有商机。产前护理相关的DTC(direct-to-consumer，直连消费者)技术迅速发展，并越来越受到欢迎。从可捕捉婴儿踢腿的家庭超声波到可播放音乐到子宫的可穿戴腰带。另一种流行（指在美国）的设备是Bloomlife，这是一种可获取子宫活动的传感器。女性将传感器贴在肚脐下方约三指宽的位置，静坐不动，就可以观看Bloomlife应用程序中记录子宫活动的峰图。自公司于2014年推出以来，已有超过10,000名女性租用Bloomlife每周20美元的“智能孕期追踪器”来计算数百万次收缩
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唐雪明团队研发出基于核酸等温扩增的转基因可视化快速检测新技术
2019年7月17日，上海市农业科学院唐雪明研究员课题组在国际期刊Food Control(食品科学一区)在线发表了题为“Rapid detection of P-35S and T-nos in genetically modified organisms by recombinase polymerase amplification combined with a lateral flow strip”的研究论文。随着全球转基因技术和产品的快速发展，生物育种、国际贸易和市场标识制度亟需田间速测的转基因产品检测技术。目前的方法大多是基于外源蛋白的抗体技术， 然而抗体制备成本高，灵敏度偏低，每
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Nature子刊：新方法快速检测下呼吸道感染
近日，英国东安格利亚大学Justin O'Grady博士领导的研究团队开发了一种宏基因组学检测的新方法，并发表在《Nature Biotechnology》杂志7月刊的封面。这种经过优化的研究方案针对细菌性下呼吸道感染，可从临床呼吸道样本中去除高达99.99％的宿主核酸，并利用纳米孔测序仪器在6小时内准确识别病原体和抗生素抗性基因。每年全世界约有300万人死于肺炎等下呼吸道感染。目前，细菌性下呼吸道感染（LRI）临床诊断的金标准主要是采集患者样本进行细菌培养，但其周期慢且敏感性差。在此期间，患者通常被给予广谱抗生素治疗。然而过量使用广谱抗生素也是驱动抗微生物药物耐药性发展的主要因素之一。相对于
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单细胞封装技术帮助移植干细胞坚守岗位
造血干细胞骨髓移植已经成为许多疾病的标准治疗方法，例如血液和淋巴系统癌症、镰状细胞贫血、遗传性代谢紊乱和辐射损伤。但是，许多骨髓移植都会受到患者免疫系统的排斥，甚至导致移植物抗宿主病（graft-versus-host disease）而以失败告终。间充质基质细胞（MSCs）可以分泌调节免疫系统的化合物，在动物试验中可以缓解骨髓移植排斥问题。但是，人类患者的临床结果却令人失望。来自Wyss生物启发工程研究所、哈佛大学工程与应用科学学院和哈佛干细胞倡议的研究人员展示了一种新技术，能阻止MSCs被体内细胞清除和攻击，改善小鼠骨髓移植成功率。这项工作发表在PNAS上。“据我们所知，这是第
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魏文胜Nature Biotechnology报道新型RNA单碱基编辑技术：LEAPER
近年来，以CRISPR/Cas9为代表的基因组编辑技术在生物医学等诸多领域产生了深远的影响，但该技术目前存在的一系列问题使其在临床治疗应用中遭遇瓶颈。问题的根源之一在于当前的基因编辑体系依赖于外源编辑酶或效应蛋白的表达，从而造成 (1) 蛋白分子量过大使得通过病毒载体进行装载及人体内递送十分困难；(2) 由蛋白过表达引起的DNA/RNA水平的脱靶效应；(3) 由外源蛋白表达引起的机体免疫反应及损伤；(4) 机体内的预存抗体使外源编辑酶或效应蛋白被中和从而导致基因编辑失败等。为解决上述问题，亟需建立新型基因编辑工具，特别是摆脱传统技术依赖于外源蛋白表达的桎梏。来自北京大学生命科学学院魏文胜课题组
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《Science》又一突破！美国军方AI在1对多赌博中击败了人类世界冠军
《Science》杂志发表了一项由卡内基梅隆大学的科学家领导的研究，他们开发的人工智能程序（Pluribus）在6人不限牌德州扑克中击败了人类顶级专业选手。美国陆军参与资助了这项研究的数学建模部分，Facebook则承担为扑克玩家提供奖金。“这都是战略问题，”美国陆军研究办公室网络科学部处长Purush Iyer博士说。“长期以来，博弈论中的一个限制因素是其可扩展性（即处理指数增长状态空间的能力）。玩扑克牌是一个很好的例子，可以解释数学模型如何被设计情景策略来应对缺乏完整信息的对手——不知道对手会做什么，他们有什么能力。”他说，这项研究与许多现实问题和军事挑战（如网络安全和国家防御）极为相关。
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