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中科院学者Nature Plants利用CRISPR系统解析DNA病毒
双生病毒(Geminiviruses)是存在于植物中唯一一类具有孪生颗粒形态的单链DNA病毒,也是目前已知的最大的单链DNA病毒家族,该病毒在单子叶和双子叶植物中具有广泛的宿主。目前已报道双生病毒能够感染玉米、棉花、番茄、木薯、甜菜等重要农作物,对农业生产危害极大。传统抗病机理的研究主要基于对病毒基因功能的分析及宿主病毒互作机理的解析,但目前在育种中的应用还比较有限。 中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组利用新近在细菌中发现的适应性免疫系统(CRISPR/Cas)特异识别病毒和外源DNA的特性,将该CRISPR切割系统引入植物,在植物中建立了这套DNA病毒防御体系。该研究以甜菜严重
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张锋Cell:新一代CRISPR基因组编辑系统
生物通报道 在发表于《细胞》(Cell)杂志上的一项研究中,哈佛-麻省理工Broad研究所的张锋(Feng Zhang)及其同事们报告称发现了一种不同的CRISPR系统,其有潜力实现更简单、更精确的基因组工程操作。他们描述了这一新系统一些出乎意外的生物学特征,证实可以操控它来编辑人类细胞基因组。人类基因组计划的主要领导者之一、Broad研究所所长Eric Lander说:“这一系统有着巨大的潜力推动遗传工程。这篇论文不仅揭示了从前未知的一种CRISPR系统的功能,还证实了可以利用Cpf1完成人类基因组编辑,其具有一些非凡和强大的特性。这一Cpf1系统代表了新一代的基因编辑技术。”C
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Nature关注诺贝尔奖预测
生物通报道 诺贝尔奖颁奖期正在临近,科学家们和其他的专家们又开始了一年一度的预测活动,尽管严肃的态度各异,焦点都只有一个:谁将赢得今年的诺贝尔奖项(延伸阅读:2015诺贝尔奖预测之一:拉斯克奖 )。有一群预测者预测,化学奖、物理奖和生理学或医学奖都有可能会反近年来的趋势。今年的诺贝尔奖项将会从10月5日对外公布。9月24日,汤森路透(Thomson Reuters)集团发布了一年一度的预测,今年的女性提名要多过以往:总共有4位。有可能获得今年诺贝尔化学家的包括德国Helmholtz感染研究中心的Emmanuelle Charpentier,加州大学伯克利分校的Jennifer Do
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Nature发表重要成果:CRISPR–Cas的抑制系统
生物通报道 来自多伦多大学、蒙大拿州立大学的研究人员,揭示出了anti-CRISPR蛋白抑制CRISPR–Cas的多种机制。新研究结果不仅为阐明CRISPR–Cas的功能机制指明了新途径,并有可能为更好地操控CRISPR–Cas系统提供大量有价值的工具。这一重要的研究发布在9月23日的《自然》(Nature)杂志上。细菌和感染它们的病毒(噬菌体)之间发生的生存之战,导致进化出了许多的细菌防御系统以及噬菌体编码的对抗系统。CRISPR和cas基因构成的适应性免疫系统是细菌保护自身对抗噬菌体最普遍的一种手段。CRISPR–Cas RNA引导的免疫系统广泛存在于原核生物中,对微生物的进化
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我科学家用CRISPR获得转基因山羊
生物通报道:CRISPR/Cas9系统的最新研究进展,提供了一种精确而灵活的方法,可在不同物种中进行基因组编辑。然而,这种方法在大型动物模型(如山羊)中的适用性和效率,还没有得以广泛的研究。最近,来自西北农林科技大学、榆林学院、南京大学和上海科技大学等处的研究人员,在Nature子刊《Scientific Reports》发表题为“Generation of gene-modified goats targeting MSTN and FGF5 via zygote injection of CRISPR/Cas9 system”的研究论文,通过将靶定MSTN和FGF5基因的Cas9 mRNA
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农科院李奎教授用CRISPR成功构建转基因猪
生物通报道:转基因猪在农牧业和生物医学领域均有重要的作用,可以为人类提供更高质量的食物,也能作为动物模型帮助人们理解和治疗疾病。然而,生成转基因猪是一个漫长而低效的过程,这大大阻碍了转基因猪模型的实际应用。CRISPR-Cas9是细菌在漫长的进化史中演化出的重要防御机制。这个监控体系能够根据引导RNA的指示,靶标并降解入侵者的遗传物质。现在,CRISPR-Cas9已经成为了炙手可热的基因组编辑工具,帮助世界各地的研究者们解决实际问题。科学家们利用CRISPR/Cas9系统进行特异性的基因敲除/敲入,已经构建了多种动物模型,包括一个基因敲除猪模型。这些成果显著推动了动物模型研究的发展,但还缺乏能
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Nature、Science关注CRISPR人类基因组编辑合法化
生物通报道 来自伦敦的研究人员向英国人类受精与胚胎管理局(HFEA)提出了申请,希望获得许可编辑人类胚胎基因组。如果获得批准,这将是世界上首次由国家监管机构准许开展这类研究。近年来开发的一些技术使得研究人员能够轻易且准确地添加、删除或改造细胞中的基因。然而由于这样的基因组编辑可以将改变传递给后代,引发了公众及科学界的激烈争议。这项提交给HFEA的申请只涉及实验室中的胚胎,并未打算促成新生命诞生。许多科学家们认为,这样的实验室实验对于更深入地了解人类早期发育至关重要,有可能促成一些新方法来帮助不孕夫妇。申请人是Francis Crick研究所的发育生物学家Kathy Niakan,其
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CRISPR生物信息学研究成果不断涌现
生物通报道:用RNA指导的CRISPR-Cas9系统的动物和植物基因组工程,正在改变着生物学。与其他基因工程工具相比,这种技术更容易使用,并且更有效,因此,在其发现后的短短几年内,就已经被广泛应用于世界各地的实验室。与其他功能缺失的筛选技术(如RNAi)相比,全基因组CRISPR/Cas9敲除技术显示出更大的希望,因为它能够在DNA水平敲除基因。然而,这些筛选所产生的数据,给计算分析提出了很大挑战。因此,研究人员针对CRISPR/Cas9开展了诸多的生物信息学研究,最近也相继取得了一系列进展。了解GeneArt CRISPR产品的更多信息2014年12月5日,华人女学者、哈佛大学公共卫生学院D
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英国研究人员申请编辑胚胎基因
英国伦敦的一名研究人员向该国人类受精与胚胎管理局(HFEA)申请许可,希望可以编辑人类胚胎基因。近年来,科学家研发出若干种技术,可以简单、准确地增加、删除或是改变细胞中的基因。这些技术激起了对基因编辑技术的争论,因为该方法可能把基因改变传给后代。 这份向HFEA提交的申请表示,将仅在实验室中进行相关研究,而不会把相关修饰传递给后代。很多科学家表示,类似的实验室研究对于了解人类早期发育至关重要,并且可能产生对不孕不育家庭有益的新疗法。 这名申请人是弗郎西斯·科瑞克研究所发育生物学家Kathy Niakan,她主要研究人类发育最初的相关活跃基因(在进入子宫之前)。此前通过大鼠和
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著名学者朱健康:利用CRISPR-Cas9生成可遗传的基因修饰
生物通报道 来自中国科学院上海植物逆境生物学研究中心、昆士兰大学的研究人员报告称,他们开发出了胚系特异性的CRISPR-Cas9系统改善在拟南芥中生成可遗传的基因修饰。这项研究工作发布在9月11日的《Plant Biotechnology Journal》杂志上。中国科学院上海植物逆境生物学研究中心主任朱健康(Jian-Kang Zhu)是这篇论文的通讯作者。朱教授是植物抗逆生物学领域世界级领军人物之一,其及其领导的实验室在植物抗旱、抗盐与耐低温方面的研究硕果累累,在国内外享有声誉。是首批“****”入选者,现为美国普渡大学生物化学系和园艺及园林系杰出教授,2010年当选为美国国家
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张锋Nature发布CRISPR基因编辑新成果
生物通报道 来自Dana-Farber/波士顿儿童医院癌症及血液疾病中心的研究人员发现,改变一小段DNA可以避开镰状细胞病(SCD)背后的遗传缺陷。这一发布在《自然》(Nature)杂志上的新发现,为开发出一些基因编辑方法来治疗SCD和诸如地中海贫血等其他的血红蛋白疾病开辟了一条途径。Dana-Farber/波士顿儿童医院的Stuart Orkin博士、Daniel Bauer博士,及哈佛-麻省理工Broad研究所的张锋(Feng Zhang)博士共同领导了这项研究(延伸阅读:CRISPR先驱张锋Cell发表最新研究成果)。这一称作为增强子的DNA片段控制了分子开关BCL11A。这
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NIBS邵峰博士Nature揭示炎症坏死新机制
生物通报道 来自北京生命科学研究所(NIBS)的研究人员证实,炎症caspases通过切割gasdermin D (GSDMD)控制了特殊的细胞死亡形式——炎症坏死(pyroptosis)。这一重要的研究发现发布在9月16日的《自然》(Nature)杂志上。论文的通讯作者是北京生命科学研究所的邵峰(Feng Shao)博士。邵峰研究组主要研究方向为在病原细菌感染宿主和宿主先天性免疫防御的分子机制,曾发表多篇Nature,Science,Cell杂志文章。Caspases是一种半胱氨酸蛋白酶家族,它们的共同特征是能够利用自身催化位点的半胱氨酸残基来特异性切割目标蛋白的天冬氨酸残基,在
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2015诺贝尔奖预测之二:CRISPR可能上榜吗?
生物通报道:今年的诺贝尔奖紧锣密鼓地进入了最后阶段,就等着拉开帷幕了,各大媒体,研究机构也纷纷推出了自己的预测名单,其中不乏今年红得发紫的技术:CRISPR的身影,那么CRISPR真的能上榜吗?首先按照诺贝尔奖评选方法惯例,一般来说获奖成果需要经过多年的效验验证,但也有人用事实反驳了这一观点——RNA干扰技术(RNAi)就是在其被出版公布后未到十年的时间里获奖的,还有细胞重编程技术(iPS)也在短短的几年时间内获得了诺贝尔奖评审委员会的青睐。CRISPR的前世今生其实说起来早在CRISPR作为基因编辑工具横空出世的数亿年前,细菌和古细菌就利用CRISPR系统非常精确的对几乎每个基因组中的任意序
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Science子刊:利用CRISPR和RNAi筛查药物靶点
生物通报道 哈佛医学院的一个研究小组近日在《Science Signaling》上发表一种药物靶点筛查的新方法,结合基因组编辑技术CRISPR以及基因沉默技术RNAi,鉴定出对肿瘤细胞生长很重要的三个基因。在这项研究中,研究人员关注了结节性硬化症(TSC),这种疾病的特点是大脑及其他重要器官长了良性肿瘤。它是由两个肿瘤抑制基因(TSC1和TSC2)的其中一个突变引起的,目前可通过化疗药物来治疗。研究人员指出,新的药物靶点的RNAi筛查通常需要使用多个RNAi试剂,来针对各个基因,以确保可靠的靶点knockdown。然而,这又会导致脱靶效应提高,knockdown效率变化,从而带来高的假阳性和假
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中国科学家Nature子刊发布CRISPR/Cas9基因编辑新成果
生物通报道 来自中科院昆明动物研究所、华大基因研究院和芝加哥大学等机构的研究人员称,他们构建出了两种蝴蝶的高质量参考基因组,并利用CRISPR/Cas9技术对蝴蝶进行了基因编辑。相关研究成果发布在9月10日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。中科院昆明动物研究所的王文(Wen Wang)研究员及芝加哥大学的Marcus R. Kronforst是这篇文章的共同通讯作者。王文研究员长期来一直致力于自然选择和人工选择下新遗传结构及其功能起源进化机制的研究。在Science、Nature Genetics、Nature Review Genetics、Na
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专家称人类基因组编辑研究必不可少
生物通报道:在今年五月份,中山大学的研究人员,利用基因编辑系统除去了人类胚胎中的一个突变基因,引发了科学界关于道德伦理的广泛争论。相关阅读:Nature爆炸性新闻:中山大学人类基因组编辑引发科学界大动作。最近,在全球第一次针对有争议的新技术的讨论会议上,专家指出,涉及人类基因组编辑的研究,包括人类胚胎研究,对于生物学和生殖细胞的基本理解,是至关重要的,并应该是被允许的。这一大胆声明,由著名的生物伦理学组织Hinxton Group出版——一个包括干细胞研究人员、生物伦理学家和政策、科学出版专家的全球网络。虽然这一专家小组坚定支持基因编辑研究的必要性,但是他们指出了研究和临床应用之间的明显区别。
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Craig Venter访谈:编辑基因组,我们的智慧还不够
在基因组学和合成生物学领域,J. Craig Venter一直是先行者。他参与了人类基因组测序,合成了首个人造细胞。尽管引起很多争议,但Venter一直按照自己的想法来行动。近日,《世界邮报》(The WorldPost)采访了Venter,请他谈谈对读写和编辑人类基因组的看法。之前,Venter说过,人类已经进入了一个“进化的新阶段”,从自然选择到智能化的方向。对此,他解释道,如今人们可以读取和编写遗传密码,以数字形式呈现,并将其转换成合成生命,这有望加快社会进化的步伐。今年是Venter的团队产生首个合成细胞五周年。Venter认为,这意味着人们现在有能力来控制进化。他们正在细胞上实现这一
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用CRISPR 突破ChIP-seq的局限
生物通报道:生物体内的所有细胞都携带着相同的遗传物质——DNA。不同细胞在转录因子的控制下表达不同的基因,从而实现特异性的功能。比如说,神经细胞表达的基因有助于向其他神经细胞传递信息,而免疫细胞表达的基因有助于它们合成抗体。将染色质免疫共沉淀技术与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq),被广泛用于鉴定基因组中的转录因子结合事件。这一技术在功能基因组学和基因表达调控领域起到了关键性的作用,但它还存在一定的局限。举例来说,ChIP-seq级别的抗体并不好找,大多数商业化抗体不能生成有用的数据集。(延伸阅读:Nature Biotechnology:可取代ChIP-se
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Cell子刊突破:用CRISPR来控制基因激活的新策略
生物通报道 来自芬兰赫尔辛基大学的研究人员开发出了一种新方法,可以在不改变基因组的情况下激活细胞内的基因。这种方法的应用包括引导干细胞分化。相关研究论文发布在干细胞研究领域领先期刊《Stem Cell Reports》上。开发这种方法的是在赫尔辛基大学Meilahti医学院Timo Otonkoski教授实验室攻读博士的年轻研究人员Diego Balboa和Jere Weltner。调控细胞分化是当前干细胞研究最热门的课题。该分化过程是建立在细胞中的一些基因激活及失活这一基础之上,因此研究人员正在致力寻找一些方法来控制基因的激活。研究人员梦想着能够在特定时刻精确地激活和失活一些基因
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CRISPR提供新型乙肝治疗策略
生物通报道:目前的抗病毒疗法还不能治愈乙型肝炎病毒(HBV)感染,成功根除HBV需要灭活病毒的基因组,其主要存在于宿主细胞,作为游离共价闭合环状DNA(cccDNA),在较小的范围内,作为染色体整合的序列。然而,新型设计酶,如CRISPR/Cas9 RNA引导的核酸酶系统,为直接攻击HBV基因组的先进治疗策略的开发,提供了技术。用于人类治疗时,这种设计酶应该识别不同的HBV基因型,并造成最小的脱靶效应。延伸阅读:Nature子刊:我科学家利用CRISPR破坏乙肝病毒。九月三日,来自德国Heinrich Pette研究所、University Medical Center Eppendorf和G