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ETNet:基于可解释Transformer架构的增强子-增强子互作预测模型及其跨语境迁移能力研究
在基因组调控的复杂交响乐中,增强子如同隐藏在DNA序列中的指挥家,通过远程调控基因表达节奏。尽管增强子-启动子相互作用(EPI)研究已取得显著进展,但增强子之间的"对话"机制——增强子-增强子相互作用(EEI)却仍是一片亟待探索的领域。传统实验方法如ChIA-PET和Hi-C虽能捕捉染色质三维互作,却受限于高测序深度和细胞类型特异性挑战,这促使计算生物学界寻求更高效的预测工具。现有计算方法多聚焦于EPI预测,而专门针对EEI的深度学习模型尚属空白。EnContact作为当前唯一的EEI专用预测方法,其性能仍有提升空间。更关键的是,增强子协同效应表现出超加性特征——多个增强子共同作用时产生的调控
来源:Briefings in Bioinformatics
时间:2025-12-01
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岩藻糖依赖性轮状病毒与诺如病毒复制新机制:岩藻糖苷酶活性的双重调控作用
每年,腹泻疾病仍然是五岁以下儿童死亡的主要原因,尽管过去二十年间相关死亡人数已从260万降至150万,但在中低收入国家尤其严重。其中,轮状病毒(Rotavirus, RV)和诺如病毒(Norovirus, NoV)作为引起急性胃肠炎的主要病原体,对人类健康构成持续威胁。这些病毒的成功感染依赖于与宿主细胞表面的岩藻糖基化糖分子——组织血型抗原(Histo-blood group antigens, HBGAs)的相互作用,但这一相互作用如何精确调控感染过程,科学界尚未完全阐明。有趣的是,与流感病毒等呼吸道病毒不同,RV和NoV并不编码自身的糖苷酶,而在它们复制的肠道环境中,岩藻糖苷酶活性却普遍存
来源:npj Viruses
时间:2025-12-01
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局部注射托珠单抗通过抑制IL-6受体减轻实验性牙周炎牙槽骨吸收及炎症反应
牙周炎是一种全球高发的慢性炎症性疾病,被世界卫生组织列为成人牙齿丧失的首要原因。虽然牙菌斑生物膜是其始动因子,但宿主过度激活的免疫炎症反应在疾病进展中扮演着关键角色。在复杂的细胞因子网络中,白细胞介素-6(IL-6)作为一种多效性细胞因子,不仅参与免疫细胞分化,更是调控破骨细胞生成和骨吸收的关键介质。临床研究显示,牙周炎患者牙龈沟液和组织中IL-6水平显著升高,与疾病严重程度正相关。目前,牙周基础治疗(如洁治和根面平整)仍是牙周炎治疗的基石,但部分患者特别是重度或难治性病例疗效不佳。因此,探索针对特定炎症通路的宿主调节疗法成为研究热点。托珠单抗(TCZ)是一种重组人源化抗IL-6受体单克隆抗体
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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逆向慢性完全闭塞介入治疗中侧支通道导丝通过时间的优化研究
冠状动脉慢性完全闭塞(Chronic Total Occlusion, CTO)是冠心病介入治疗领域最具挑战性的病变之一。当冠状动脉因动脉粥样硬化斑块长期堆积导致血管腔完全堵塞,且闭塞时间超过3个月时,便形成了CTO。开通CTO血管对于缓解患者心绞痛症状、改善心脏功能及可能改善长期预后至关重要。经皮冠状动脉介入治疗(Percutaneous Coronary Intervention, PCI)是开通CTO的主要手段,其手术路径主要分为前向(Antegrade)和逆向(Retrograde)两种策略。逆向途径尤其适用于那些前向路径困难或失败的复杂病变,例如近端纤维帽模糊、缺乏残端或存在桥侧支等
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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EIT引导PEEP滴定策略改善中重度ARDS患者氧合与呼吸力学的随机对照研究
急性呼吸窘迫综合征(ARDS)是危重症患者中常见的严重呼吸衰竭形式,死亡率高达30%-40%。这类患者通常出现严重低氧血症,需要接受有创机械通气支持。然而,机械通气本身如果管理不当,可能导致呼吸机诱导的肺损伤(VILI)。当前指南推荐采用肺保护性通气策略,包括小潮气量和适当的呼气末正压(PEEP),特别是对于重度ARDS患者。虽然小潮气量通气已被证明可以降低死亡率,但最佳的PEEP调节策略仍存在不确定性。PEEP设置过高可能导致肺泡过度膨胀、气压伤或血流动力学不稳定,而PEEP不足则会引起肺泡塌陷和低氧血症。近年来,国际指南强调对中重度ARDS患者应采用更高或个体化的PEEP策略,以优化肺泡复
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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基于浦那市的流行病学监测数据建模研究:揭示监测数据质量与公共卫生决策的关联
在COVID-19大流行期间,全球公共卫生系统高度依赖流行病学监测数据来指导封锁、医疗资源分配等关键决策。然而,这类数据并非来自随机抽样,而是通过检测和接触者追踪生成,且数据生成过程本身会反作用于疫情轨迹(如隔离感染者)。这引发了一个核心问题:监测数据究竟在多大程度上反映了真实的疫情状况?例如,观测到的感染上升是否与实际感染上升一致?现有研究多关注干预措施的有效性,却忽视了对数据质量本身的评估。为此,印度科学教育与研究学院浦那校区的Prathith Bhargav、Soumil Kelkar等研究人员在《Scientific Reports》上发表了一项研究,通过个体模型,首次系统评估了监测数
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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钙敏感受体激动剂显著降低PTH达标透析患者全因死亡率:一项倾向评分匹配研究
在终末期肾病患者的长期血液透析(Hemodialysis, HD)或在线血液透析滤过(online hemodiafiltration, OHDF)治疗中,矿物质与骨代谢异常(Chronic Kidney Disease-Mineral and Bone Disorder, CKD-MBD)是常见的严重并发症。其中,继发性甲状旁腺功能亢进(Secondary Hyperparathyroidism, SHPT)的管理尤为关键。日本透析疗法学会(Japanese Society for Dialysis Therapy, JSDT)的临床实践指南建议,将透析患者的血清全段甲状旁腺激素(inten
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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登革热中低密度粒细胞与中性粒细胞胞外诱捕网的作用:干扰素α和细胞游离DNA的影响
登革热是一种由蚊子传播的病毒感染,其临床表现范围广泛,从良性发热性疾病到伴有血小板功能障碍和血管渗漏的严重感染。严重登革热的关键阶段通常发生在发热后的第3至第7天,其特征是血液浓缩(hematocrit, Hct)升高超过20%,这源于受损血管的血浆泄漏。尽管并非所有登革热患者都会出现血液浓缩,但其存在标志着疾病进入需要密切监测和管理的危重阶段。目前,预测严重的血液浓缩对于及时准备支持性护理至关重要。登革热诱导的血液浓缩和血管损伤机制与促炎细胞因子和先天免疫细胞(如中性粒细胞和单核细胞)相关,因此先天免疫参数作为登革热生物标志物引起了研究人员的兴趣。然而,关于登革热中先天免疫的数据仍然较少,且
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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ASCL2与CLDN3相互作用介导乳腺癌恶性进展及临床评估新策略
乳腺癌作为女性最常见的恶性肿瘤,每年导致全球约68.5万人死亡,其中转移是主要死因。尽管手术联合内分泌和靶向治疗显著改善了早期患者预后,但高度异质性的三阴性乳腺癌(TNBC)患者中位无进展生存期(PFS)仍不足8个月。上皮-间质转化(EMT)作为肿瘤侵袭转移的核心生物学过程,已成为突破治疗瓶颈的关键研究方向。在这一背景下,研究人员将目光投向了一个备受关注的转录因子——ASCL2。该蛋白属于bHLH(碱性螺旋-环-螺旋)家族,在结直肠癌和胃癌中已被证实参与EMT调控,但其在乳腺癌中的作用机制尚不明确。为此,研究团队通过整合EMTome和MSigDB数据库的1072个EMT相关基因,结合LASSO
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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紫蓝小麦与白粒小麦的产量及营养品质比较研究:揭示特色小麦的增产潜力与营养优势
随着人们生活水平的提高和健康意识的增强,对主食作物的需求已从单纯追求产量转向注重营养与健康功能并重。小麦作为我国主要口粮作物,其品质改良与营养价值提升备受关注。近年来,彩色小麦(如紫色、蓝色小麦)因其富含花青素(anthocyanins)、矿物质和必需氨基酸等营养成分而崭露头角,被誉为“功能性谷物”。花青素作为重要的次生代谢产物,具有优异的抗氧化、抗炎、抗菌和抗癌特性;矿物质如硒(Se)、锌(Zn)、铁(Fe)等微量元素的富集有助于解决“隐性饥饿”问题;而氨基酸组成的优化则能提高小麦蛋白质的营养价值。然而,彩色小麦普遍存在产量偏低的问题,这严重限制了其大面积推广和生产效益。以往研究多聚焦于彩色
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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3D打印微柱阵列实现高通量寡核苷酸合成的纳米级规模化制备
在合成生物学、基因组学和DNA数据存储等领域,寡核苷酸库已成为不可或缺的工具。然而,传统的寡核苷酸合成方法面临一个两难选择:平面阵列技术(如光刻法、喷墨打印)能够并行合成数千至数百万条序列,但每个特征的合成规模仅停留在飞摩尔(femtoscale)级别,难以满足下游应用对DNA量的需求;而柱式合成(如96孔板格式)虽能实现纳摩尔级产出,却受限于低通量和大量试剂消耗。更棘手的是,平面阵列的微缩化会加剧边缘效应和定位误差,导致序列错误率上升。如何兼顾高通量与大规格合成,成为该领域亟待突破的瓶颈。为解决这一难题,延世大学(Yonsei University)的Haeun Kim、Junhyeong
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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达格列净通过调控SIRT1/Nrf2/HO-1通路改善替诺福韦诱导的大鼠肾毒性:抑制氧化应激、凋亡与炎症的作用机制
在人类免疫缺陷病毒(HIV)感染的治疗中,抗逆转录病毒疗法(ART)的出现无疑是一场革命,它极大地改善了患者的预后和生活质量。然而,这场胜利的背后也隐藏着一些长期的挑战。替诺福韦(Tenofovir Disoproxil Fumarate, TDF)作为ART方案中的核心药物,虽然疗效显著,但其长期使用所带来的肾毒性问题日益凸显,成为临床医生和研究者关注的焦点。据统计,约有15%的患者在接受TDF治疗2-9年后会出现肾脏损伤,表现为急性肾损伤(Acute Kidney Injury, AKI)或慢性肾脏病(Chronic Kidney Disease, CKD),甚至发展为典型的范可尼综合征(
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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基于苯并[f]喹啉骨架的吡唑、吡啶及嘧啶类衍生物的合成及其对淡色库蚊幼虫的杀虫活性研究
在公共卫生领域,蚊子被称为对人类最危险的动物——它们传播的疾病每年导致全球数十万人死亡。其中淡色库蚊(Culex pipiens L.)作为北半球最常见的蚊种,不仅是西尼罗河病毒、圣路易斯脑炎病毒等重要病原体的传播媒介,还表现出极强的环境适应能力,使得传统杀虫剂逐渐失效。随着抗药性问题日益突出,开发新型、高效且环境友好的杀虫剂已成为当务之急。近日发表于《Scientific Reports》的一项研究为这一领域带来了新突破。由Eman A.E. El-Helw领衔的研究团队通过巧妙的分子设计,合成了一系列基于苯并[f]喹啉骨架的杂环化合物,并系统评估了其对淡色库蚊幼虫的杀虫活性。该研究不仅发现
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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印度类鼻疽的缺失环节:基于病例报告、农业气象与社会经济因素的横断面分析
在热带和亚热带地区,一种名为类鼻疽(melioidosis)的传染病正悄然成为公共卫生威胁。这种由类鼻疽伯克霍尔德杆菌(Burkholderia pseudomallei)引起的疾病,死亡率高达50%,且具有独特的流行病学特征:它是一种环境腐生菌,在土壤和水中存活,通过皮肤伤口、吸入或摄入途径感染人类。更令人担忧的是,类鼻疽的临床症状与结核病、Q热、布鲁氏菌病等疾病极为相似,极易导致误诊。而糖尿病(DM)患者尤其易感,这对拥有1.01亿糖尿病患者的印度来说,无疑是一个严峻挑战。印度作为热带国家,拥有适合类鼻疽伯克霍尔德杆菌生存的理想环境条件:充沛的降雨、大面积的稻田种植、适宜的土壤温度和pH值
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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miR-106b-5p通过靶向抑癌基因RBL2促进胃癌进展的机制研究
在全球癌症负担排名中,胃癌(Gastric Cancer, GC)长期位居发病率第五和死亡率第五的严峻位置。据2022年统计数据显示,全球每年新增病例约96万例,其中中国占比高达37%,胃癌防治已成为我国公共卫生领域的重大挑战。尽管诊疗手段不断进步,晚期胃癌患者的五年生存率仍低于30%,这凸显了探索胃癌发生发展分子机制的紧迫性。近年来,微RNA(microRNA, miRNA)在肿瘤调控中的作用备受关注。这些长约22个核苷酸的非编码RNA分子,能够通过靶向信使RNA(mRNA)调控基因表达,在肿瘤增殖、侵袭、转移等过程中扮演重要角色。其中,miR-106b-5p被发现在多种癌症中呈现致癌特性,
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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基于机器学习的小麦叶锈病严重度监测与抗性基因资源挖掘研究
小麦作为全球最重要的粮食作物之一,其生产安全始终受到各类病害的威胁。其中,由Puccinia triticina引起的小麦叶锈病是造成小麦减产的主要病害之一,在伊朗等主要小麦产区尤为严重。据统计,该病害可导致5-15%的产量损失,在严重流行年份甚至可达50%以上。1987年巴基斯坦因叶锈病大流行造成的经济损失高达8600万美元,而在伊朗,该病造成的产量损失约为10-30%。这些数字背后,是农民收入的减少和粮食安全面临的挑战。传统上,种植抗病品种是控制叶锈病最有效的方法。然而,叶锈菌群体的高度变异性使得抗病品种往往在推广几年后即丧失抗性。研究表明,由单个基因控制的抗性容易因病原菌新毒性小种的产生
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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新型缩氨基脲金属配合物的设计合成、光物理性质及抗肝癌活性研究
在全球健康挑战中,肝癌(特别是肝细胞癌HCC)和抗菌素耐药性构成了双重威胁。肝细胞癌作为第六大常见癌症和第三大癌症相关死因,每年新增病例超过80万,其高死亡率源于诊断滞后、治疗选择有限以及对传统化疗药物的耐药性。与此同时,抗菌素耐药性的崛起正在削弱现有抗生素的效果,迫切需要新型治疗策略。能够同时发挥抗癌和抗菌作用的双功能化合物因此成为临床研究的焦点。在这一背景下,希夫碱配体及其过渡金属配合物因其结构多样性、多齿配位能力和通过金属配位调节生物活性的特性而备受关注。铬酮衍生物作为天然产物中广泛存在的骨架,已被证实具有抗菌、抗病毒、抗炎、抗氧化和抗癌等多种生物活性,同时在光学材料领域也有重要应用。3
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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蛇毒纳米毒理学新视角:眼镜蛇与圆斑蝰细胞外囊泡的功能与生化特性揭示
在全球热带地区,蛇咬伤是一个被严重低估的公共卫生危机,每年导致数万人死亡,其中印度因"四大毒蛇"——眼镜蛇(Naja naja)、圆斑蝰(Daboia russelii)等造成的伤害尤为突出。传统上,蛇毒被视为可溶性蛋白质的混合物,但近年来科学家们在蛇毒中发现了一类新的活性载体——细胞外囊泡(Extracellular Vesicles, EVs)。这些纳米级别的囊泡可能通过保护毒素成分、增强其稳定性及靶向性,在中毒过程中扮演着关键角色。然而,不同蛇种毒源EVs的功能特性有何差异?它们是否会改变乃至放大毒液的毒性效应?这些问题亟待解答。为了深入探索蛇毒的纳米毒理学机制,来自印度卡斯特尔巴医学院
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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泰国猪鼻蝠新型SSR标记开发及种群遗传多样性研究
在泰国西部的石灰岩洞穴中,栖息着世界上最小的哺乳动物之一——基蒂猪鼻蝠(Craseonycteris thonglongyai)。这种仅重2克的微型蝙蝠是Craseonycteridae科的唯一种类,由于分布范围极度受限(仅见于泰国和缅甸边境的少数洞穴),种群数量稀少且持续下降,被世界自然保护联盟(IUCN)列为近危物种。近年来,随着旅游开发、蝙蝠粪采集等人类活动的增加,这一珍稀物种的生存状况令人担忧。由于猪鼻蝠种群数量稀少且分布范围狭窄,其遗传多样性水平及种群结构特征一直缺乏系统研究。而了解这些遗传参数对制定有效的保护策略至关重要。传统的形态学方法难以准确评估这种微型蝙蝠的种群状况,分子标记
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01
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CD18酪氨酸735位点磷酸化通过下调Akt活性介导胸膜肺炎放线杆菌ApxI毒素细胞毒性的机制研究
在养猪业中,有一种被称为"猪呼吸道杀手"的传染病——猪传染性胸膜肺炎,其病原体是胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae)。这种细菌能够产生多种毒素,其中ApxI毒素是其最强的毒力因子之一,能够导致肺组织出血、坏死和纤维化,给养殖业造成巨大经济损失。尽管科学界早已知道ApxI毒素对免疫细胞有强大杀伤作用,但这种毒素究竟如何精准识别靶细胞并触发细胞死亡信号,一直是微生物致病机制研究的难点。传统观点认为,白细胞特异性表达的β2整合素家族可能是ApxI毒素的受体,尤其是淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1,由CD11a和CD18亚基组成)。然而,ApxI毒素如
来源:Scientific Reports
时间:2025-12-01