• 综述：口腔微生物组-氧化还原-炎症轴在神经退行性疾病中的作用机制与治疗前景

  口腔-脑轴：连接口腔健康与神经健康的桥梁人类口腔微生物组作为仅次于肠道的第二大多样性微生物群落，其生态失衡（口腔菌群失调）可通过多种途径影响远端器官。研究表明，牙周炎关键病原体——牙龈卟啉单胞菌（Porphyromonas gingivalis）在阿尔茨海默病患者中的检出率显著高于健康人群5倍。这些微生物及其代谢产物能够突破局部屏障进入循环系统，通过激活免疫细胞和促炎因子释放，引发全身性低度炎症状态。神经炎症作为神经退行性变的标志中枢神经系统（CNS）中的神经炎症原本是保护性防御机制，但慢性过度激活会转化为病理性过程。小胶质细胞和星形胶质细胞持续活化产生过量活性氧（ROS）、白细胞介素-1β（

  来源：Biochemical Pharmacology

  时间：2025-09-24

• 基于GLP-1和酰基乙醇酰胺的协同联合疗法改善MAFLD：大鼠模型研究揭示多靶点治疗新策略

  HighlightAnimal protocol and ethics statement实验使用雄性Wistar Han国际遗传标准大鼠（Crl:WI(Han)），年龄5至6周，购自查尔斯河实验室（西班牙巴塞罗那）。所有动物初始体重为296 ± 13克，单独饲养于22–25°C、湿度75%的环境下，采用12小时光周期。动物操作和实验程序均符合欧盟指令（2010/63/EU）和西班牙法规（RD 53/2013），并经马拉加大学动物实验伦理委员会批准（批准号：UM-2021-009）。Intraperitoneal OLHHA administration resulted in sustain

  来源：Biochemical Pharmacology

  时间：2025-09-24

• 利用跨诊断精神疾病遗传易感性解析神经性厌食症临床结局：共享遗传负担与疾病特异性风险因子的作用

  神经性厌食症（Anorexia Nervosa, AN）是一种严重且常呈慢性病程的精神疾病，以极低体重和强烈恐惧体重增加为核心特征，其终身患病率约1%，完全康复率不足50%。AN具有显著的遗传性，双生子研究显示其遗传度达50-70%，而最新全基因组关联研究（GWAS）发现常见遗传变异可解释17%的疾病易感性。更复杂的是，AN常与其他精神疾病高度共病，如强迫症（OCD）（14%）、重度抑郁症（Major Depressive Disorder, MDD）（73%）、焦虑障碍（Anxiety Disorders, ANX）（75%），且患精神分裂症（Schizophrenia, SCZ）的风险增加

  来源：Molecular Psychiatry

  时间：2025-09-24

• 术后辅助化疗不良事件可预测局部晚期结直肠癌生存结局：一项日本临床试验的汇总分析

  在当今全球癌症负担日益加重的背景下，结直肠癌（Colorectal Cancer, CRC）已成为威胁人类健康的主要恶性肿瘤之一。尽管手术联合术后辅助化疗已成为局部晚期CRC的标准治疗方案，但仍有约20-30%的患者面临复发风险，而一旦复发往往难以治愈。这种严峻的现状促使临床医生和研究人员不断探索能够早期预测治疗效果的生物标志物，以期实现更精准的个体化治疗。有趣的是，近年来一些研究发现化疗期间出现的不良事件可能与治疗效果存在意想不到的关联。在转移性CRC治疗中，使用抗表皮生长因子受体药物时出现的皮肤皮疹，或卡培他滨为基础化疗引起的手足综合征，都被发现与更好的预后相关。这些现象提示我们，治疗相关

  来源：British Journal of Cancer

  时间：2025-09-24

• 综述：自噬在虫媒病毒发病机制中的双重作用——以日本脑炎病毒和登革热病毒为例

  ABSTRACT日本脑炎病毒（Japanese encephalitis virus, JEV）和登革热病毒（dengue virus, DENV）是全球范围内重要的虫媒病毒，可引起从无症状感染到严重出血热等多种临床表现。尽管对虫媒病毒发病机制的研究已取得进展，但其分子机制仍未完全阐明。自噬（Autophagy）作为通过降解和回收细胞成分维持稳态的关键细胞过程，在病毒感染中扮演双重角色：既可作为宿主抗病毒防御机制，又能被病毒利用以促进自身存活。本综述聚焦自噬在JEV和DENV感染中的作用，探讨其分子机制及潜在治疗策略。自噬的生物学机制与病毒相互作用自噬是真核细胞中高度保守的分解代谢过程，通过形

  来源：Reviews in Medical Virology

  时间：2025-09-24

• 铜绿假单胞菌ClpP1•ClpP2异源复合物的结构解析及其与AAA+ ClpX解折叠酶的互作机制研究

  引言AAA+蛋白酶在多种生物体中执行关键调控功能，通过降解错误折叠蛋白和调控蛋白维持细胞内蛋白质稳态（proteostasis）。在铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）中，ClpXP蛋白酶由AAA+ ATP酶ClpX和自 compartmentalized 肽酶ClpP组成，其中ClpP存在两种旁系同源物PaClpP1和PaClpP2，它们可组装成同源（PaClpP1•ClpP1）或异源（PaClpP1•ClpP2）复合物。值得注意的是，PaClpP2仅在异源复合物中才具有蛋白酶活性。铜绿假单胞菌是免疫缺陷患者和囊性纤维化患者的主要致病菌，其ClpXP系统通过调控毒力因

  来源：Protein Science

  时间：2025-09-24

• 重组宿主防御肽结构-抗菌活性关系研究：对抗耐药菌的新策略与机制解析

  引言抗菌肽（AMPs）作为一类具有潜力的抗菌剂，能够应对日益严重的抗菌药物耐药性（AMR）问题。宿主防御肽（HDPs）如LL37和防御素（defensins）表现出广谱抗菌活性，其作用机制主要涉及破坏微生物膜或干扰关键细胞过程。近年来，借助重组技术生产HDPs取得显著进展，类似胰岛素的生产历程，HDPs正逐步实现重组规模化生产，并在抗病原微生物方面展示出显著效果。HDPs的生物活性与其三维结构和多样化的理化性质密切相关，包括阳离子性、脂溶性和两亲性等。阳离子性有助于与带负电的微生物膜相互作用，脂溶性和两亲性则影响肽与膜的结合与插入能力。尽管已有大量研究关注这些性质与活性的关系，但定量模型和相关

  来源：Microbial Biotechnology

  时间：2025-09-24

• SIGEL：基于空间基因组上下文感知的基因表示学习框架突破空间转录组学分析瓶颈

  随着空间转录组学(Spatial Transcriptomics, ST)技术的快速发展，研究人员现在能够同时获取基因表达数据和空间位置信息，为理解组织异质性、细胞间相互作用以及疾病发生机制提供了前所未有的机会。然而，如何从海量的空间转录组数据中提取有生物学意义的基因特征，并用于下游分析任务，仍然是一个巨大的挑战。现有的基因表示学习方法大多基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据，忽略了基因在空间上的共表达模式和功能关联，导致生成的基因嵌入缺乏空间上下文信息，难以直接应用于空间转录组数据分析。更具体地说，当前面临三个主要问题：第一，缺乏专门针对空间转录组数据设计的基因表示学习框架；第二，

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• GeneRAIN：基于深度学习的基因表达网络多维度表征及其在长链非编码RNA功能预测中的突破性应用

  在当今基因组学时代，理解基因功能及其与表型的复杂关系已成为生命科学研究的核心挑战。基因间的相互作用和调控过程构成了一张精密的网络，而破译这些关系对于解决生物学基本问题和推动生物医学应用——包括新疗法开发——具有关键意义。尽管深度学习技术尤其是Transformer模型和自监督学习的出现已经彻底改变了多个领域，但在基因表达数据分析中，我们对其学习生物信息的深度和广度仍知之甚少。现有研究存在几个明显空白：大多数模型基于单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据训练，虽然能捕捉细胞异质性，却受限于高dropout率和技术噪音；相反，bulk RNA-seq虽然代表细胞混合物，但提供了更高的覆盖度

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• ScIsoX：单细胞异构体水平转录组复杂性的多维测量框架及其应用

  在生命科学领域，转录组的复杂性一直是研究者关注的焦点。选择性剪接（alternative splicing）作为真核细胞中增加功能多样性的关键机制，能够从有限数量的基因产生多种转录本异构体。近年来，单细胞异构体分析技术的进步使得我们能够在前所未有的分辨率下全面表征转录本的多样性。目前存在两种互补的方法：短读长测序技术虽然通量高，但在异构体分辨率上存在局限；长读长测序技术则能够提供全长转录本表征，尽管通量较低。然而，无论是哪种平台，目前都缺乏能够在单细胞分辨率下测量和解释转录组复杂性多维性质的分析框架。这导致我们无法充分利用异构体分辨率数据所提供的额外信息层，从而错失了深入理解转录组调控机制的机

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• MHCquant2革新免疫肽组学技术，提升肿瘤抗原发现灵敏度与可及性

  在肿瘤免疫治疗领域，准确鉴定人类白细胞抗原（HLA）呈递的肽段至关重要，这些肽段是T细胞识别和攻击肿瘤细胞的关键。然而，免疫肽组学研究一直面临重大挑战：HLA呈现的肽段丰度低、变异性高，导致质谱检测灵敏度不足；大规模数据处理对计算资源要求极高；现有分析工具在跨平台兼容性和标准化方面存在局限。虽然质谱技术不断进步，如引入捕获离子迁移谱（TIMS）与飞行时间质谱（timsTOF）联用提升了分离分辨率和检测灵敏度，但数据处理流程仍跟不上技术发展步伐。此前开发的MHCquant1流程在可扩展性方面取得进展，但在识别低丰度抗原方面仍显不足；FragPipe虽采用MSFragger搜索引擎加速鉴定，却难以

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 玉米杂种优势调控新机制：异源表达基因互补与杂合性协同作用

  在作物育种领域，杂种优势（Heterosis）一直是提升农作物产量的核心策略。玉米作为典型异交作物，其F1代杂交种在活力和生物量产量上显著优于纯合自交系亲本，但这一现象的分子机制至今未完全阐明。经典遗传学理论用显性（Dominance）和超显性（Overdominance）假说来解释杂种优势，前者认为杂交种中有利等位基因互补了亲本中的有害突变，后者则认为杂合状态本身赋予优势。然而，这些理论如何转化为基因表达层面的调控，尤其是单亲表达（Single Parent Expression, SPE）基因在杂交种中的互补机制，仍是未解之谜。为了深入解析杂种优势的调控网络，由德国波恩大学Marion P

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 微生物网络注释新纪元：microbetag实现表型注释与代谢互补性分析

  在微生物组学研究领域，微生物共现网络分析一直是揭示物种间相互作用关系的重要手段。然而传统的网络推断方法面临准确率低、工具依赖性高、结果难以解释等突出问题。由于不同推断算法具有各自的假设和参数设置，导致网络结构存在显著差异，加之测序数据本身存在的稀疏性和零膨胀等问题，最终得到的网络往往变成难以解读的"毛球"结构。更严峻的是，研究显示微生物网络在预测已知相互作用方面准确率较低，这严重限制了其在实际研究中的应用价值。为了突破这些瓶颈，来自比利时鲁汶大学、苏黎世联邦理工学院和加州大学旧金山分校的研究团队在《Genome Biology》上发表了题为"microbetag: simplifying mi

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 深度学习破译植物转录起始调控的序列密码：从大豆驯化到多物种比较基因组学

  植物基因表达调控的核心环节——转录起始过程，长期以来存在着令人困惑的"黑箱"难题。虽然科学家们早已发现TATA-box和起始子（Inr）等经典顺式元件，但植物启动子中仍存在大量未知调控元件，且不同物种间的转录起始规律存在显著差异。更令人不解的是，为什么双向启动子在动物中普遍存在，而在植物中却十分罕见？这些基础问题的悬而未决，严重制约了作物精准育种中基因表达调控策略的开发。为了破解这些难题，由华中农业大学和中国科学院团队领衔的国际研究小组在《Genome Biology》发表了突破性研究成果。他们成功开发了名为GenoRetriever的可解释深度学习模型，通过整合多作物高分辨率转录起始数据和创

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 基于知识图谱增强的图自编码器框架KEGNI精准推断细胞类型特异性基因调控网络

  基因调控网络（GRN）揭示了细胞中基因与调控因子间复杂的相互作用关系，是理解生理和病理过程中细胞机制控制与动态变化的核心。近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展使得细胞类型特异性GRN的推断成为可能，但传统计算方法（如PIDC、GENIE3等）基于基因共表达模式进行推断，存在高假阳性问题，因为并非所有预测的相关性都代表因果关系。尽管深度学习模型（如scGeneRAI、STGRNS等）在捕获非线性依赖关系方面表现出优势，但如何有效整合外部知识并构建细胞类型特异性的GRN仍是一个挑战。在此背景下，上海交通大学的研究团队在《Genome Biology》发表了题为“KEGNI:

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• Topsicle：基于长读长测序数据估算端粒长度的创新方法及其在跨物种端粒生物学研究中的应用

  在生命科学领域，端粒作为染色体末端的保护帽，其长度变异与衰老、癌症和多种疾病密切相关。然而，准确测量端粒长度一直是个技术难题。传统的终端限制性片段（TRF）分析和定量PCR（qPCR）等方法不仅耗时耗力，还受限于通量和准确性。随着长读长测序技术的发展，人们虽然能够获取更长的DNA片段，但如何从海量数据中精准识别端粒区域并准确估算其长度，仍缺乏高效的计算工具。针对这一挑战，来自堪萨斯大学的研究团队开发了Topsicle这一创新方法，旨在利用全基因组长读长测序数据，通过k-mer分析和变点检测算法，实现端粒长度的高通量、高精度估算。该研究近期发表于《Genome Biology》，为端粒生物学研究

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 密集SNP检测技术如何重塑法医科学——从陈旧案件破解到司法正义的革命性跨越

  在传统法医科学领域，短串联重复序列（Short Tandem Repeats, STR）分型技术长期被视为身份鉴定的金标准。然而该方法存在明显局限性：仅能通过有限数量的遗传标记进行分析，对降解DNA样本的适应性差，且数据库匹配严格依赖直接比对或一级亲属参照。这导致全球范围内数十万起暴力犯罪案件和数万具无名遗骸长期无法获得身份认定，受害者家庭持续承受着悬案带来的创伤。随着基因组学技术的飞速发展，密集单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）检测正在彻底改变法医科学的格局。与传统STR相比，SNP检测具备三大突破性优势：其一，可检测数十万个遗传标记，极

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 综述：利用CRISPR技术推动染色体基因多样化和人工进化

  引言基因多样化是产生大量遗传变异体的过程，有助于功能序列的筛选分析。通过迭代多样化和选择，可以改进基因和蛋白质功能，推动生物技术创新。传统方法如易错PCR、位点饱和突变和DNA改组存在局限性，通常需要将突变文库引入宿主生物并进行异位表达，这既繁琐又受宿主依赖的转化效率限制。虽然体内连续进化系统避免了迭代克隆和转化步骤，但仍需在质粒或非天然基因组位点表达目的基因，无法模拟内源调控环境。此外，一些物种（如植物）中尚未建立异位表达系统，且大型结构变异（如大片段缺失、重复、倒位和易位）在体外合成成本高昂。染色体基因多样化指在天然染色体位置直接产生遗传变异，支持可靠的原位功能分析。传统方法如自发、化学或

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 长读长测序揭示人脑神经精神疾病风险基因的RNA异构体谱及其功能影响

  神经精神疾病是一类高度复杂的疾病，其发病风险与数百个基因组变异相关，这些变异通过改变风险基因的表达水平和RNA异构体构成来发挥作用。然而，这些基因如何通过表达改变和RNA剪接影响疾病风险和发生，目前仍知之甚少。近年来，全基因组关联研究（GWAS）已识别出大量与精神分裂症（SZ）、重度抑郁症（MDD）、自闭症谱系障碍（ASD）和双相情感障碍（BPD）相关的常见单核苷酸多态性（SNPs），但绝大多数风险变异位于非编码区，可能通过调控基因表达或剪接来发挥作用。由于人脑具有独特的剪接程序，包括大量组织特异性外显子和微外显子的频繁使用，因此全面解析风险基因的RNA异构体 repertoire 对于揭示疾

  来源：Genome Biology

  时间：2025-09-24

• 发光纳米葫芦：实现亲疏水性化疗药物的时空协同递送

  引言化疗在临床肿瘤治疗中占据重要地位，但肿瘤异质性导致单药治疗效果有限。共递送不同作用机制的药物可通过多途径杀伤肿瘤细胞，然而传统递送系统存在药物相互干扰和载体毒性等问题。多肽基纳米材料因其优异的生物相容性和可调控的自组装特性，成为理想药物载体。尤其具有多室结构的纳米胶囊能实现药物分区装载和时序释放，但现有系统仍难以精确控制形态均一性及亲疏水药物的协同递送。本研究通过合理设计发光葫芦形纳米颗粒，为解决上述挑战提供了新方案。结果与讨论合成与表征共聚物通过开环聚合并脱保护合成PEG45-b-PGA55，进而将TPE基团接枝到多肽侧链得到最终产物PEG45-b-P(GATPE26-stat-GA29

  来源：Advanced Science

  时间：2025-09-24

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